上海市中醫醫院占地面積1.67萬平方米，建築面積3.33萬平方米，其中業務用房2.45萬平方米。主體建築為設施先進的18層病房大樓，開放床位近500張，全院門急診量超過3000人次/日，床位使用率在90%以上。醫院有高級衛生技術人員90餘人，擁有全國名老中醫1人，醫學博士16名，醫學碩士39名。醫院設有上海市名老中醫診療所和上海市中醫中西醫結合專家診療所兩個專家診療中心,雲集張鏡人、裘沛然、顏德馨等70餘位代表上海中醫界最高水平的專家為病人服務。
上海市中醫醫院有5個專科被列為上海市中醫特色專科：中醫失眠症特色專科、中醫紅斑狼瘡特色專科、中醫小兒厭食症特色專科、中西醫結合治療帕金森病特色專科、中醫綜合治療腰椎間盤突出症特色專科；建有五個老中醫工作室：王翹楚老中醫工作室、沈丕安老中醫工作室、董氏兒科王霞芳老中醫工作室、李如奎老中醫工作室、余莉芳老中醫工作室。
近年來引進、更新了一批先進的現代化儀器設備，如DSA、螺鏇CT、全自動生化儀、彩色超聲儀等，為病人提供科學的診斷、治療保障。
醫院有博士生導師2人，碩士生導師20餘人，承擔上海中醫藥大學本科生和研究生的課堂及畢業實習教學任務，同時還承擔全國和世界各地醫生進修和培訓任務。建院近50年來，有20餘項科研成果分別獲得全國中醫藥重大科技成果獎和部級中醫藥科學技術進步獎。
