2006年4月，學校為了更好地發展土木工程系和工程管理系，決定兩系重組成立土木工程學院，設立了三江學院物業研究中心（所）；劉瑞教授為首任院長，現任院長為東南大學原土木工程學院黨委書記黃安永教授。
土木工程專業下設三個專業方向，即“建築工程”、 “路橋工程”和地下工程方向；工程管理專業包括工程管理專業（本科）和工程管理（專科）專業；工程管理本科專業下設四個模組：“工程項目管理”、“工程造價” “房地產經營與估價”、“物業管理”。
土木工程學院現擁有現代化的實驗設施：如土木工程實驗中心、工程項目管理沙盤模擬實驗室、工程造價實驗室和工程招投標實驗室，以及學校給土木工程學院提供的現代化的機房和相應的專業軟體，成立了現代化的模擬實訓中心；學院還與外校和有關企事業等11家單位（南通四建、招商局集團、愛濤物業等）共建了教學實踐中心。這些單位為我院學生提供了良好的實驗、實踐場所。
土木工程學院的辦學理念是：智育為重、德育為先、素質為本。憑藉著正確的辦學理念、雄厚的師資力量、嚴謹的治學態度、求實的工作作風，面向市場經濟，根據社會需要，培養德、智、體、美全面發展，能在國內外工程建設、物業管理，房地產開發與經營、智慧型化建築管理領域從事項目決策和全過程管理的複合型高級人才。
