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在1990年塞爾維亞大選中,米洛舍維奇當選塞爾維亞共和國總統。1992年,南斯拉夫社會主義联邦共和國正式滅亡後,塞爾維亞社會黨與黑山社會主義民主黨(前身:黑山共產主義联盟)聯合執政。
1997年,米洛舍維奇當選南斯拉夫聯盟總統,1999年,塞爾維亞社會黨黨部大樓被北約部隊轟炸。
2000年,米洛舍維奇競選南斯拉夫聯盟總統失利,塞爾維亞社會黨失去執政地位。
2001年,米洛舍維奇被海牙國際法庭羈押,並於2006年去世。
塞爾維亞社會黨失去執政地位後,聲譽一落千丈。後黨內左翼重組新南斯拉夫共產黨,目前為塞爾維亞境內第三大黨。