使用簡併引物即可以進行“Touchdown PCR”。由這種方法將獲得大量的產物，但因為由肽序列可以知道引物之間的確切距離，所以可以根據產物的大小來選擇所需要的產物。該方法的優點在於可以富集引物與模板正確配對的產物。如果克隆和測序一打PCR產物，將可以確定肽的正確編碼序列，設計進行雜交的寡核苷酸等。該技術特別適用於由Ser，Lys和Arg（每個有6個密碼子）構成的多肽。用primer premier來計算引物Tm值，退火溫度設計為從Tm+5度降落至Tm-10度，每度2個cycle，最後在tm-10度上增加5-10個cycle.例：Tm為58度，則從63度降落到48度，每度2個cycles,最後在48度加5-10個cycles.
原理就在於，溫度的升高提高了PCR擴增的特異性，但也提高了引物結合的難度，降低了擴增的效率，因此一開始先用高溫擴增，保證擴增的嚴謹性，待目的基因的豐度上升後，降低擴增的溫度，提高擴增的效率（此時非特異的位點由於豐度低，無法和特異位點競爭）。
但是，退火溫度TOUCH DOWN無法改善擴增效率低的問題，一般用於在雜模板中提高擴增特異性。
降落PCR（touch down PCR）：指的是每一個（或n個）循環退火溫度逐步降低1度，直到達到一個較低的退火溫度，該溫度稱為：“touchdown"退火溫度，然後在該溫度下繼續循環10個左右循環。
退火溫度的起始溫度高於計算的Tm15度左右，在接下來的循環中，退火溫度每個循環降低1－2度（一般為1度），直到低於Tm5度。
該策略的目的在於確保第一個引物－模板雜交事件發生在最互補的反應物之間，即特異性擴增的反應物之間，當退火溫度降低到非特異性擴增發生的水平時，特異產物在此時已經有一個幾何數的起始優勢，在剩餘的反應中，特異產物會競爭非特異產物，特異產物始終優先擴增，從而產生單一的占主導地位的擴增產物。
該方法主要用於避免非特異性PCR產物的出現，尤其是當使用複雜的基因組DNA模板，非特異性退火易發生時。
例子：
94度預變性3分鐘，
94度變性30秒，65度（Tm若為55度）退火30秒，72度延伸1分鐘。
以後每個循環依次降低1度，直到50度，共15個循環。
94度變性30秒，50度退火30秒，72度延伸1分鐘。15－20個循環。
72度延伸10分鐘。
