新一代合作社具有的組織優勢有：
1.經營產品單一，開展農產品深加工業務，實現垂直一體化經營
這是新一代合作社有別於傳統合作社的核心特徵。傳統合作社往往是綜合性的，向社員提供廣泛的服務內容，包括產前、產中和產後的系列服務，附加價值不高，利潤提升空間有限。“新一代合作社”經營的產品單一，更加關注專業化生產，追求農產品 深加工和增加附加值。它通常只經營一種農產品，只接受事先與社員商定的特定數量和種類的農產品，然後進行加工和銷售，並讓社員分享增值的收益。以“投資—利潤”為主要取向的新一代合作社與以為社員服務為宗旨的傳統合作社相比，能帶給農戶更大的收益。據美國農業部年度合作社統計表明，2005年受調查的2896個新一代合作社為他們的社員實現了約20億美元的價值增值。
2.成員資格的封閉性保證了合作社經營的高效益
與傳統合作社社員入社自願、退社自由的開放原則不同，新一代合作社具有封閉性。新一代合作社根據合理的經營規模確定資產總股本和接受社員的數量，並按社員持股數量確定其產品限額。社員可以退社，但不能退股，社員的股金或剩餘索取權可以在內部轉讓，股本相對穩定，因而能夠保證合作社在高效益的情況下運行，有效防止了加工能力和產品供給過剩導致的經營效益下降。
3.合作社股金的穩定性有利於獲得銀行信貸支持
由於社員數量的穩定性和股份的可交易性，使得合作社的全部股金具有永久性。資金的永久性使得銀行願意提供條件優惠的貸款。
4.通過購買交易權，規定合作社與社員雙方的權利和義務
社員要加入合作社，就須得購買合作社農產品的交易份額或交易權（deliver right）。社員的交貨權取決於其投資的多少，這種交貨權既是一種權利，也是一種義務。社員必須交給合作社規定數量和質量的原料產品，合作社必須接受社員按契約規定交售的特定數量和質量的原料農產品。如果交貨不足，社員須根據給合作社帶來的損失大小予以補償；同樣，當市場價格低於合作社收購價格時合作社仍以議定價收購社員的產品。“新一代合作社”中社員和合作社的關係契約化，權利和義務是雙向的，雙方的利益通過契約的形式得到保障。
5.健全機制，提高運行效率
隨著經濟的發展，新一代合作社的運行機制更多地借鑑了股份制企業的現代管理制度，權責明確，政企分開，有助於民主管理原則的實現和商業化的運作。比如在籌資機制上，合作社中普遍引入股份制公司籌集社會資本的做法，允許外來資金投資，擴大合作社的集資範圍；在決策管理機制上，不再嚴格遵循“一人一票制”，實行按投資額大小分配投票權的辦法，把表決權與投資額結合起來，同時，外聘專家對合作社實行專業化管理等。運行機制上的靈活創新，大大提升了合作社的經營效率和競爭力。
