主要職能
(一)負責《中華人民共和國水法》、《中華人民共和國水土保持法》、《中華人民共和國防洪法》等法律的組織實施和監督檢查；擬定全市水利工作的方針政策、發展戰略和中長期規劃，組織起草有關地方性規章並監督實施。
(二)統一管理全市城鄉水資源（含空中水、地表水、地下水），組織擬定全市和跨縣市區水長期供求計畫、水量分配方案並監督實施，組織有關國民經濟總體規劃、城市規劃及重大建設項目的水資源和防洪論證工作，組織實施取水許可制度和水資源費徵收制度。
(三)擬定全市節約用水政策，編制節約用水規劃，制定有關標準，組織、指導和監督全市節約用水工作。
(四)按照國家和省資源與環境保護的有關法律法規和標準，擬定全市水資源保護規劃和水能資源發展規劃；組織水功能區的劃分和向飲水區等水域排污的控制；監測江河湖庫的水量、水質，審定水域納污能力；提出限制排污總量的意見。
(五)組織、指導全市水政監察和水行政執法，協調並仲裁部門間和縣市區間的水事糾紛。
(六)擬定全市水利行業的經濟調節措施，對水利資金的使用進行巨觀調節和監督管理，指導水利行業的供水、水電及多種經營工作，研究提出有關水利的價格、稅收、規費、信貸、財務等經濟調節意見。
(七)組織編制全市水利建設規劃、水利中長期發展計畫、水利建設年度計畫；組織編制、審查和申報全市大中型水利建設項目建議書、可行性報告和初步設計；組織重大水利科學研究和技術推廣；組織和監督實施全市水利行業技術標準和水利工程的規程、規範。
(八)主管全市河道、水庫、湖泊、分洪區、蓄洪區、滯洪區，組織、指導水利設施、水域及其岸線的管理與保護；組織指導江、河、湖、庫的治理和開發，按分級負責原則組織建設和管理具有控制性的或跨縣市區的重要水利工程；負責全市水利行業的質量管理工作，組織、指導水庫、水電站大壩的安全監管；履行全市堤防和重點堤防建設的項目法人單位的職責。
(九)統一負責全市長江河道采砂的規劃及申報、管理和監督檢查工作，實施長江河道采砂許可證制度及其砂石資源費徵收、管理制度。
(十)主管全市農村水利工作，組織協調全市農田水利基本建設和鄉鎮供水工作；負責全市中小水電建設和管理，擬定水電發展規劃、年度計畫和中小河流水能資源開發規劃，承擔農村水電電氣化建設管理工作；負責全市灌排區的行業管理，並組織大中型灌排區的建設及管理。
(十一)研究制定全市水土保持的工程措施規劃，組織水土流失的監測和綜合防治。
(十二)負責市防汛抗旱指揮部的日常工作，組織、協調、監督、指導全市防洪排澇抗旱工作，對大江大河大湖大庫和重要水利工程實施防汛排澇抗旱調度。
(十三)負責水利方面的科技教育和對外合作工作，指導全市水利隊伍建設，管理局屬單位的工作。
(十四)承辦上級交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，市水利局機關設10個職能科室。
(一)辦公室
協助局領導組織機關日常工作，完成和督促檢查局黨組、局長辦公會和局務辦公會議決定的事項，對各科室工作進行綜合協調；負責局重要檔案、報告的起草和重要會議的組織及公文秘書、檔案保密、來信來訪、機關基本建設、房地產和公共資產管理、行政後勤服務等事務；負責水利綜合統計、水利政策調研和冬春季農田水利基本建設進度統計等工作；負責行業新聞宣傳工作；負責人大、政協兩案辦理；負責機關保衛和局屬單位綜合治理。
(二)水政水資源科
負責全市水利行業政策、法規性措施的擬定、體制改革和水利、水土保持執法工作；組織全市水資源的監測工作，負責全市城鄉水資源的統一管理；保護和節約用水、城市供水水源規劃工作，按規定歸口管理河道、湖泊和水工程排污的有關工作，負責實施取水許可制度和水資源費徵收管理制度；會同有關部門制訂全市供水中長期計畫、年度計畫和跨縣市區的水量分配方案，並監督組織實施，歸口協調縣、市、區之間和部門之間的水事糾紛，承辦水行政案件的複議工作；會同有關部門搞好水利血防工作，負責水利結合滅螺工程項目的申報，並組織實施；歸口管理水利公安。
(三)計畫財務科
組織編制全市水利發展戰略、總體規劃、流域規劃、中長期規劃、年度工程計畫，調查研究相應的投資政策和落實措施，綜合審查專業工程，會同有關科室組織重點水利水電工程項目的立項審查和申報；指導全市水利系統的財務、會計管理，研究制訂全市水利系統各項經濟調節措施，組織籌措水利建設資金，審查編報水利事業經費預算及資金的使用管理，負責水利基本建設資金的撥付及管理，負責全市水利系統國有資產的監督管理和局機關及局直屬單位的財務管理。
(四)政工科(掛離退休人員管理科的牌子)
負責局機關和直屬單位的幹部選拔、考核、任免、管理及黨群、人事、機構編制、勞動工資工作；管理勞動保護、保險、福利工作，配合有關部門做好專業技術職務評聘和工人技術等級考評工作；負責水利系統出國人員的選派、政審工作和幹部、工人及勞動工資統計年報、人事檔案管理工作；負責貫徹落實離退休人員管理工作的方針、政策和局機關離退休人員的管理服務工作，指導、協調局直屬單位離退休人員的管理服務工作；負責本系統政治思想教育宣傳工作，指導市水利水電學校工作；歸口管理全市水利職工培訓工作，負責本行業精神文明建設。
(五)建設管理科
對全市水利工程建設進行行業管理，組織和協調重點水利工程的建設；負責全市水利建設項目招標工程的行業管理，並組織或直接參與重點水利建設項目的招投標工作；組織研究解決全市水利工程建設管理中的重大疑難技術問題，負責全市水利行業的質量監督管理和水利工程建設的監督工作，提出重大工程質量事故的處理方案，會同有關部門組織重點建設項目的市級審查、申報、驗收；負責本行業施工企業資格和工程設計資格的審查和申報工作；協調有關科室負責技術監督管理工作。
(六)農村水利科
主管全市農村水利、鄉鎮供水和農村飲水工作；編制全市農村水利建設的規程規章及市內五大河流、華陽河流域(黃岡境內)綜合治理與開發的規劃和計畫，負責項目的審查和申報並組織實施；組織指導全市農村水利建設和農村水利社會化服務體系建設，負責農村節約用水工作，管理和指導全市鄉鎮水利站工作；負責組織本行業科技攻關和科技成果推廣；負責冬春季農田水利建設情況聯繫工作。
(七)水土保持科
負責全市水土保持的管理工作，貫徹有關法律、法規，制訂管理規程規章，編制水土保持綜合治理規劃和計畫，負責項目的審查和申報；組織水土保持重點治理區的工作，指導重點預防區、重點監督區的工作；組織小流域綜合治理試點並負責推廣工作，指導全市水土流失的動態監測、預防，負責水土流失調查、防治和指導水土保持的科學研究、專業培訓工作；協調水土流失綜合治理。
(八)水庫管理科
歸口管理全市10萬方以上水庫工程和萬畝以上水庫灌區、灌溉試驗站，制訂管理規程規章；編制水庫及渠系加固、灌區配套工程的規劃和計畫，負責項目的審查和申報並組織實施；質量監督管理和工程驗收工作；配合有關部門組織水庫防汛抗旱調度工作和組織制訂大型、中型水庫汛期調度運用方案及審查、申報汛期控制運用計畫；指導水庫工程管理單位對水庫大壩開展監測、維修、養護及白蟻防治等工作，對水庫大壩安全實施監督管理；負責組織水庫供水工程建設，協調水庫水源供求矛盾；負責庫區移民和庫區扶貧工作。
(九)農電科
歸口負責全市地方水電站及其小電網和農村水電電氣化縣的行業管理；負責全市水電工程項目的審查和申報並組織實施；擬定全市水電發展規劃、年度計畫和中小河流水能資源開發規劃；編制全市湖區(不含分蓄洪區、滯洪區)、機電灌排區建設的規劃、計畫和規程規章，負責其項目的審查和申報並組織實施，指導全市湖區、機電灌排區和機電排灌站的建設和管理；配合有關部門制訂湖泊防洪排澇調度方案和排澇工作，會同有關部門負責湖區電力排水泵站的經營管理工作，協調地方水電與大電網的關係。
(十)綜合經營科
負責全市水利經濟工作的行業管理；負責貫徹執行國家和省市有關經濟工作的方針政策，研究制定全市水利經濟的發展規劃和年度計畫；會同有關部門提出全市水利產業經濟改革和水利產業結構調整意見、建議和方案，指導全市水利產業結構調整和資源的最佳化配置；歸口管理水庫漁業，會同有關部門搞好水庫漁政管理工作；指導全市水利工程綠化、水利旅遊工作；負責全市水利系統安全生產；歸口管理局直單位經濟工作，指導局直企業的改革和發展。
人員編制和領導職數
市水利局機關行政編制45名。其中，局長1名，副局長4名，(派駐)紀檢組長1名，總工程師1名；行業工會主任1名，正副科級職數24名(含監察室主任1名)。
其他事項
1、市防汛抗旱指揮部辦公室是市防汛抗旱指揮部的常設辦事機構，設在市水利局，其主要職責是：組織全市防汛抗旱工作，承辦市防汛抗旱指揮部的日常工作；按照市防汛抗旱指揮部的指示，統一調控和調度全市水利、水電設施的水量；負責分蓄洪區安全建設、負責實施平垸行洪、退田還湖及城市防洪工作以及防汛通訊信息網路建設管理。核定其事業編制10名。設專職副主任一名，內設調度科、通訊科、水情科，正副科級領導職數4個。
2、市河道堤防管理處，作為全市河道堤防工程建設管理單位，受市水利局委託，負責全市長江堤防規劃計畫和建設管理的日常工作。人員編制另行核定。
3、市水政監察支隊、水利規費管理站受市水利局委託，負責法律、法規許可範圍內的水政監察、水保監督執法、水利規費徵收以及長江河道采砂管理和監督檢查等有關方面的工作。人員編制另行核定。
4、成立市水利局機關後勤服務中心，核定其事業編制9名。
