閩南師範大學閩南文化研究中心是在國務院台辦、台盟中央、全國台聯及省直相關部門的關心指導下，在漳州市委、市政府的重視與支持下，整合海峽兩岸相關高校優質資源的基礎上，於2012年10月組建而成的，2014年7月該中心獲批福建省社會科學研究基地，成為集科學研究、人才培養、編輯出版、文化交流、社會服務為一體的綜合性教學科研創新平台。
閩南師範大學閩南文化研究中心下設學術委員會、辦公室、《閩台文化研究》編輯部、閩南文獻與海疆文化研究所、閩南方言文化研究所、閩南民間信仰研究所、閩南家族文化研究所等，主要研究方向有：
閩南文獻與海疆文化研究方向：主要開展閩海文獻整理與研究、閩海人物年譜編撰、明清閩南涉台詩文研究、林語堂研究、閩台海洋社會經濟與海絲文化研究等。
閩南方言文化研究方向：主要開展閩南方言研究、閩南方言口傳文學研究、閩南方言與文化研究、閩南方言文獻整理與研究等。
閩南民間信仰研究方向：主要開展閩南民間信仰文獻整理與研究、閩南民間信仰的緣起及其流變研究、閩南民間信仰與各歷史時期民眾社會心理研究、閩台宗教文化與民間習俗比較研究等。
閩南家族社會文化研究方向：主要開展閩台傳統家族文化研究、閩台傳統家族的結構、功能與社會變遷研究、閩台家族經濟活動方式研究、閩台家族社會比較研究等。
