內設機構
辦公室、人事股、財會股、醫政法監股、疾控基婦股、後勤股、新型農村合作醫療辦公室，代管縣愛國衛生運動委員會辦公室、縣紅十字會辦公室。各股室的職能如下：一、辦公室
協助局領導協調、督促各股室業務工作;制定本局機關各項工作制度;負責會議組織、文秘、新聞宣傳、文電處理、機要保密、檔案、信訪、安全、後勤及行政事務管理工作;協助有關股室貫徹執行衛生法律、法規和有關規定;督促檢查依法行政落實情況。
二、人事股
擬定全縣衛生人才發展規劃，會同有關部門制定全縣衛生機構編制標準、衛生專業技術人員工資標準，衛生技術人員崗位設定方案和任職資格標準，負責衛生專業技術隊伍的管理工作;負責勞動工資、幹部職工考核任用、人員調配、錄用等人事管理工作;負責全縣衛生系統的離退休人員管理。
三、財務股
負責全縣衛生單位基本建設、國有資產、專項投資的監督管理，承擔衛生統計、審計和信息諮詢等工作;負責對各鄉鎮衛生院財務進行內部審計。根據衛生髮展規劃與政策，協調有關部門爭取和落實衛生事業發展的有關物質條件;協調利用各項資金工作;負責本局財務管理工作。
四、醫政法監股
貫徹實施醫療技術人員執業標準、醫療機構管理規定和服務標準;負責各級各類醫療機構醫療質量和服務質量的監督、管理，依法監督管理臨床用血質量;負責醫療機構及其衛生技術人員執業許可、執業資格的審核報批工作;負責組織全縣執業醫師考試、執業護士考試;協助有關部門對重大突發性事件實施緊急救護;制定全縣衛生行業繼續教育計畫，並組織實施;負責擬定社區衛生服務工作規劃和政策措施並組織落實;受理醫療事故鑑定的調查審報工作;協調組織城市醫療支援農村工作;負責衛生監督及組織實施衛生綜合執法工作。
五、疾控基婦股
貫徹實施《傳染病防治法》等法律法規;組織全縣衛生技術力量，對重大突發疫情、疾病實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延;擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及其他嚴重危害人體健康疾病的防治計畫和措施，制定疾病預防控制的規章和防治方案並組織實施;開展疾病監督檢查工作，完善疫情上報分析制度;實施免疫規劃等。擬定農村衛生、婦女兒童保健工作規劃和政策措施並組織實施;指導基層衛生組織建設及初級衛生保健規劃的實施;組織指導嚴重危害婦女兒童健康疾病的防治工作;貫徹實施《母嬰保健法》等法律、法規，負責母嬰保健專項技術的服務許可及人員資格的審核報批工作;負責優生優育宣教工作和質量督查、業務指導工作;負責婦幼保健信息管理;做好計畫生育技術服務的質量監督和業務指導;組織實施國家和自治區《婦女發展綱要》、《兒童發展綱要》中的婦幼保健指標;協同組織實施婦幼保健項目;協助有關部門做好健康教育和健康促進工作。
六、後勤股
負責本局固定資產的管理;負責建築設施、能源設施、通訊設施的維護、維修與管理;負責設備及辦公用品的採購和保管;負責車輛的使用與管理;負責本局治安保衛和安全工作;負責本局環境衛生、保潔與綠化管理和維護工作;負責培訓中心服務工作。
七、縣新型農村合作醫療辦公室
負責管理與指導全縣基層合作醫療經辦機構的工作，每季度向縣合管會、合監會和上級主管部門報告合作醫療運行情況;審定定點醫療機構，並指導、督促其履行職責;辦理全縣醫藥費用補償審批和結算手續，每半年向社會公布全縣合作醫療基金收支、使用等情況，接受社會監督;負責全縣合作醫療日常工作。
八、縣愛國衛生運動委員會辦公室
貫徹落實愛國衛生運動的法規、規章;統籌協調落實各委員會部門分擔的工作任務;組織開展城鄉社會性公共衛生的管理、監督和創建衛生縣城、鄉鎮、村的活動;組織民眾性的社會衛生監督活動;負責協調開展健康教育工作，普及衛生科學知識;組織協調社會各有關部門開展民眾性愛國衛生運動;開展農村改水、改廁工作;做好以滅鼠為主的除“四害”工作。
九、縣紅十字會辦公室
開展救災的有關準備工作;在自然災害和突發事件中，對傷病人員和其他受害者進行救助;普及衛生救護和防治知識，進行初級衛生救護訓練，組織民眾參加現場救護;參與推動無償獻血;開展其他人道主義服務活動;宣傳國際紅十字和紅新月運動的基本原則和日內瓦公約及附加議定書;依照國際紅十字和紅新月運動的基本原則，完成人民政府委託事宜。
