背景
1933年大清洗之初，史達林授意根登效法蘇聯在黨內抓“反革命集團”，他照辦。但到了1934年以後，史達林的指令與根登內心深處的宗教信仰不可調和，最終劍拔弩張。
史達林多次催逼根登要在1937年前全面清除宗教階層，暗示殺掉10萬僧侶，這道命令觸碰到根登的情感底線，但他不敢公開違抗，只能陽奉陰違。由於他的消極抵制，致使這一任務被延期兩年。根登很快喪失了史達林的寵信。
過程
身穿蒙古袍的史達林1936年在蒙古駐蘇大使館的招待會上，史達林訓斥根登不能貫徹清洗宗教界的政策。根登仗著酒勁大罵史達林：“你這個血腥的喬治亞人，你實際上已變成了一個紅沙皇！”隨後，根登奪過史達林的菸斗，摔碎在地。1937年底，根登被扣上“反革命罪和日本間諜罪”的帽子遭處決。
根登之後的蒙古，進入了喬巴山時代。1937年8月應蒙古政府之“邀請”，蘇聯增派野戰軍3萬人進駐蒙古，大清洗由此拉開序幕。
1937年9月10日，大清洗正式開始，當晚蒙古人民革命黨高層65名幹部被捕，包括中央委員會成員、大呼拉爾（相當於議會）成員、部長會議成員、軍隊高層全部將領。
內務部在蘇聯專家教導下，對這65人實施“坐火椅、拔指甲、扯光頭髮”等酷刑，扒光衣服，嚴禁睡覺，不準吃飯，直到在偽造的“招供狀”上籤字為止；還被迫承認“反革命”，供出更多“同夥”名單。
後果
蒙古大清洗大清洗第一場勝仗抓出了“根登—德米德反革命間諜集團”，根據他們的“口供”，內務部揪出了更多的人，軍隊旅以上有187名將領被捕，51箇中央委員會成員有36 個被槍決。有1000多名軍人為了避免被殺，主動“承認”自己的“反革命罪”，最初只有幾個人得到赦免，以後絕大部分仍被槍斃，不少人全家被殺，甚至包括孕婦。
針對宗教界的大清洗同時展開，規模更為龐大和血腥。由於逮捕的僧侶太多，導致監獄擁擠不堪，每周會有一兩次集體處決，每次用卡車一車車拉出去。指導大清洗的蘇聯總顧問格魯伯奇克1938年8月向史達林報告：“到7月20日，771座寺院已有615個變成廢墟，8.5萬名喇嘛僅留下17338人。”
宗教界的清洗，按標準定額，每個肅反人員一天辦10個案子，超額完成者有獎。一個叫班扎拉格奇的肅反人員在摧毀一個寺廟的過程中，平均每天辦案60個，成為“先進工作者”；另一位叫巴雅爾馬格奈的肅反人員因一周辦幾百個案子，獲得北極星勳章（蒙古給軍功卓著者的獎勵）。
內務部成員盧瓦桑薩姆丹1962年回憶，由於逮捕的僧侶太多，導致監獄擁擠不堪，每周會有一兩次集體處決，每次用卡車一車車拉出去。
1939年末，喬巴山在筆記本里記下了這樣一段工作總結：“到11月，共處決喇嘛20356人，600名是高級喇嘛，3174名是中級喇嘛，13120名是低級喇嘛，摧毀797座寺廟；在1937年和1939年之間，逮捕了56938人，其中20396被處決，被逮捕的人中有17335人是喇嘛”。（註：喬巴山的數字比蘇聯顧問的要高）
十月革命後，有很多哈薩克人、布里亞特蒙古人、塔塔爾人從蘇俄逃入蒙古。史達林對這些人懷恨在心，認為他們“逃避革命”。他下令喬巴山對他們實行清洗。蒙古2.1萬哈薩克斯坦人被消滅了2000人；140個塔塔爾人只剩下4個；來自中國內蒙的漢蒙兩族人士幾乎未留下一個活口。
蒙古大清洗確切的死亡人數目前尚無定論，遇難人數有從3.6萬至10萬人不等的版本。而蒙古數百年所積累下的書籍、卷冊、藝術品毀滅殆盡，寺廟的金銀器皿全被蘇聯人搜刮而去。
影響
在大清洗中，蒙古有獨立思想的知識分子被一掃而光，黨政軍和宗教界著名人物亦被殺戮殆盡，傳統文化遭到毀滅性打擊，經濟亦完全被蘇聯控制。
二戰時蒙古對“兄弟般情誼”的蘇聯發起了“只求貢獻不求回報”的支援運動，向蘇聯捐助的金錢和物資遠遠超過自身承受能力。蒙古不僅直接派兵參加蘇軍作戰，還強令國民前往蘇聯服勞役，二戰時一直按史達林要求保持著8至10萬軍力。
1944年，史達林在中國新疆的伊犁、塔城和阿勒泰發起“東突厥斯坦獨立運動”，勒令喬巴山立即向“東突”送去武器。喬巴山命人率軍把200支步槍、230挺機槍和6挺重機槍、2000枚手榴彈、40萬發子彈送到新疆交付給當地叛軍頭領烏斯滿。由於這批武器和蘇聯空軍的撐腰，中國國民政府軍隊平叛失利。
蘇式政治經濟體制在蒙古全面確立，把母體的一切弊病全部遺傳過來，蒙古長期經濟體制僵化，生產效率低下，物資匱乏。但卻有3000個高幹家庭像蘇聯特權階層一樣，可以享受特供，過著優裕的生活。
遺蹟
1992年，調查委員會的負責人，歷史學家木汗達萊·仁欽率隊在庫蘇古爾省的木倫挖出第一個埋屍坑，顯露出100多具屍體，因為是永久凍土，屍體仍保存完好，可以從死者衣物上判斷多為僧侶。由於政治原因，當政的人民革命黨一度終止繼續調查和挖掘。
2003年，烏蘭巴托東部地區發現一個更大的埋屍坑，有600多具屍骨。經技術鑑定發現，多數人雙手被反綁，腦部被槍擊或被鈍器猛擊而死，還有些人死前脖子被扭斷，生前皆受過酷刑折磨。
後世紀念
蒙古國首都烏蘭巴托的蘇赫巴托廣場附近，有一幢被鐵絲網圈起來的紅色小樓，它的正式名稱叫“政治迫害犧牲者紀念館”，俗稱“大清洗紀念館”。這幢紅色小樓原來是曾為蒙古人民共和國（1992年改國名為“蒙古國”）第二任主席、第九位總理根登的住宅。
