法蒂瑪·真納法蒂瑪早在讀書期間就開始從事政治活動，主要在婦女界進行組織工作，是全印穆斯林婦女聯合會的學生團體組織者之一。在爭取巴基斯坦獨立的過程中，她精心地照料著多病的哥哥，並協助其從事穆斯林運動。1930年陪同真納赴英國出席由英國、印度國大黨和全印穆斯林聯盟3方代表參加的解決印度教徒和伊斯蘭教徒糾紛的第一屆圓桌會議。1937年出席了穆斯林聯盟會議後，即在印度各地上層伊斯蘭教婦女中宣傳建立巴基斯坦的主張。
印巴分治後，法蒂瑪長期從事婦女工作及社會救濟工作。1948年9月11日真納去世後，她即開始獨立從政，致力於穆斯林婦女的教育事業和提升婦女社會地位，並且積極投身於民主運動，是全巴婦女協會的贊助者、喀拉蚩婦女救濟委員會主席和巴基斯坦女童子軍協會的倡導者，曾任聯合國兒童福利委員會所發起的巴基斯坦保衛兒童運動全國委員會主席。1953－1957年任巴中友好協會副主席。
法蒂瑪在巴基斯坦（特別在城市居民中）享有極高聲望，並受到歷屆政府的尊重。在60年代期間，她一直是時任總統阿尤布·汗的反對者，也曾因發表一些批評統治當局的言論，從而遭到監視。1964年的總統選舉時，她曾被喀拉蚩的穆哈吉爾人推舉為候選人，後來雖然失敗，但卻推動了巴基斯坦民主運動的進程。1967年7月9日因心力衰竭在喀拉蚩去世，享年73歲。遺體葬於喀拉蚩真納的墓園內。為了紀念她，巴基斯坦政府將2003年定為“莫赫塔瑪·法蒂瑪·真納年”。
