歷史沿革
1963年，建立自然保護區。面積20萬公頃 。
1980年1月，四川臥龍自然保護區加入聯合國教科文組織“人與生物圈”保護區網（Man and Biosphere Reserve; MAB Reserve），並與世界野生生物基金會合作，建立中國保護大熊貓研究中心 。
1983年，加入國際“人與生物圈計畫”。主要保護對象是大熊貓等珍稀動物及森林生態系統。
1983年3月，經國務院批准，將臥龍保護區內汶川縣的臥龍、耿達兩個公社劃定為汶川縣臥龍特別行政區，實行部、省雙重領導體制，由林業廳代管；7月，省政府、原林業部聯合作出了將四川省汶川縣臥龍特別行政區改為四川省汶川臥龍特別行政區的決定，與臥龍自然保護區管理局合署辦公的綜合管理體制 。
2008年5月12日，距離汶川地震震中不到20公里的臥龍國家級自然保護區，遭受前所未有的損失 。香港主動承擔了臥龍自然保護區23個援建項目，包括11個生態保育項目和12個民生基建項目。不僅如此，援建剩餘的1.9億元，也全部用於最佳化特區援建的臥龍項目 ；6月，香港特別行政區提出援建臥龍國家級自然保護區的意向。當年10月，雙方正式簽署重建合作協定，共援助資金14.22億元 。
2009年，在香港專家幫助下，《臥龍國家級自然保護區總體規劃(2008-2020)》正式完成 。
地理環境
地理位置
臥龍自然保護區位於四川盆地西緣，邛崍山脈東南坡，四川省阿壩藏族羌族自治州東南部，岷江上游汶川縣映秀鎮西側，成都平原向青藏高原過度的高山深谷地帶，東經102°52'─103°25'，北緯30°45'─31°25'，東西寬60公里，南北長63公里。東與汶川縣映秀鎮連線，西與寶興、小金縣接壤,南與大邑、蘆山兩縣毗鄰，北與理縣及汶川縣草坡鄉為鄰。
地質構造
臥龍地區位於龍門山中南段，邛崍山的東南坡，為四川盆地向川西高原的過渡地帶，其地貌形態以高山深谷為主。區內最高峰四姑娘山是邛崍山的主峰，海拔高度6250米。以四姑娘山－巴朗山為界，以東為四川盆地邊緣山地，以西進入川西高原。
1、構造格局
臥龍地區大地構造上屬於龍門山褶斷帶的中南段，由一系列北東向平行的褶曲和斷裂組成。構造帶總體方向為北40－50度東。褶曲均為緊密的倒轉腹背斜、腹向斜，自西北向東南有：總棚子倒轉復背斜、三道卡子倒轉復向斜、牛頭山倒轉復背斜、銅槽倒轉復向斜，這些褶曲軸面走向為北30－60度東，軸面傾向在不同地段變化很大，忽而傾向西北，忽而傾向東南，呈一彎曲的扭曲面，傾角40－60度不等。腹背斜和腹向斜的兩翼均被次一級同向傾向的小背斜和小向斜複雜化。
斷裂帶為北東向擠壓性逆沖大斷裂，自西北向東南有皮條河斷裂帶、耿達斷裂帶、映秀斷裂帶。主斷裂的傾向為北300－330度西，傾角50－60度，因為是擠壓性的逆沖斷裂，所以斷裂破碎帶非常發育。同時發育了一組與主斷裂帶垂直相交的張性斷裂及與主斷裂斜交的扭性斷裂。
這些斷裂和褶曲基本上控制了臥龍地區的地貌格局
2、地層
臥龍地區前古生代至中生代三疊紀地層發育齊全，缺失中生代侏羅紀、白堊紀和新生代第三紀的地層。地層的分布大致以皮條河為界，東南部為古生代地層，西北部以中生代三疊紀地層為主。
東南部大面積出露志留紀茂縣群的變質碎屑岩，其岩性為灰綠色絹雲母千枚岩，銀灰色砂質千枚岩夾有薄層石英岩及薄層狀、透鏡狀結晶灰岩。靠近皮條河條帶狀分布有泥盆系及石炭─二疊系地層。前者為未變質的灰色、深灰色薄層狀灰岩，含泥質灰岩夾炭質面岩及砂岩；後者為中厚層狀灰岩夾千枚岩、炭質千枚岩、結晶灰岩夾砂礫岩。三江口一帶零星出露奧陶系灰色中厚層長石石英砂岩、石英砂岩及砂質板岩。
西北部大面積分布三疊系地層，其岩性為長石石英砂岩、板岩、炭質千枚岩、薄層灰岩及細粉砂岩等，背斜軸部出露泥盆系地層，其岩性為炭質千枚岩、砂質千枚岩夾石英岩、碎屑灰岩等，鄧生一帶有少量石炭──二疊系地層分布，其岩性以炭質千枚岩、結晶灰岩夾砂岩為主。
第四系的鬆散堆積主要有河流相堆積物、土石流堆積物及冰磧物。河流相堆積物主要分布於皮條河河谷及各支流河谷。花紅樹溝、龍巖溝、大魏家溝等土石流溝溝口分布有大量土石流堆積物。皮條河上游向陽坪一帶的古冰川谷、正河上游古冰川谷內分布有古冰磧物，而現代冰川谷中發育有現代冰磧物。
另外，臥龍地區東北部大面積分布有澄江──晉寧期的閃長岩、花崗閃長岩。西部四姑娘山一帶有燕山期花崗岩出露。
地貌特徵
地勢：臥龍自然保護區大的地貌單原屬於四川盆地西緣山地，處於邛崍北部的東南麓，整個地勢由西北向東南遞減，皮條河從保護區的西南向東北將保護區分為兩大塊，河的西北部山大峰高、河谷深切，大部分山峰的海拔高度超過4000米。在西北部邊緣沿巴朗山至四姑娘山、以及北部與理縣接壤的山地，海拔高度均在5000米左右，構成了一道天然屏障。超過5000米的山峰近百座，境內最高峰－四姑娘山高達6250米，為四川省第二高峰，皮條河的東南部，地勢相對平緩，除個別山峰外，海拔一般不超過4000米，東南部中河及西河流域的大部分地區海拔在2000米以下，東部的木江坪海拔最低，僅1150米。
河谷形態：受地勢的影響，保護區內的河流大體由西北向東南流，河谷形態多樣，主要河流：皮條河、耿達河的河谷沿擠壓性斷裂帶發育，兩岸基岩鬆散，易被侵蝕，河谷不斷加寬，形成闊谷，並常發育有五段階地。其部分支流如英雄溝、銀廠溝等由於河流沿張性斷裂垂直下切，兩岸基岩陡峭、形成峽谷，在海拔3000米以上的上游谷地，沿冰川谷發育，上部形成"U"形谷，而下部受河流溶蝕切割，形成"V"形谷，組合成"︸"形得合谷。區內各主要河谷以上的山坡和山腰上，分布有四級剝蝕夷平面，其海拔高度分別為2000－2200米、2400－2500米、2800－2850米、3000－3100米，這些削蝕面雖面積不大，但地勢平緩，有較厚的風化殘坡積層，表層發育有黃棕色粉砂質厚土層，竹林生長茂密，形成多數大熊貓活動的核心區域。
山地形態：保護區內在海拔4000米以下的山地，屬流水作用的中低山，由於受岩性的影響，山地形態多變，由結晶灰岩組成的，多形成峰林狀山地；由砂質子板岩組成的，則形成典型的梳狀山地；以脊呈鋸齒狀，遠看似龍背，臥龍即因此得名。海拔4000－5000米的山地為寒凍風化作用的高山，岩基裸露，多懸崖峭壁，其下部形成碎屑坡或倒石堆，並有古冰川遺蹟分布，古冰斗亦分為四級，按海拔分別為4000－4200米、4350－4450米、4500－4540米、4620－4660米。部分地區冰川退卻後，冰斗積水成湖，形成海子。海拔高度超過5000米的山地為終年被冰雪覆蓋、現代冰川作用強烈的極高山，主峰四姑娘山及大姑娘山、二姑娘山、三姑娘山均為金字塔形角峰，巍然屹立於保護區的西北邊緣。
河流水系
臥龍自然保護區的水系呈相對獨立狀態，各主要河流及其支流均發源於保護區內，呈樹叉狀分支，並自西向東流出保護區，河流量及水質完全取決於區內的自然條件和人為活動影響。皮條河發源於巴朗山東麓，自西南向東北從保護區的中心地帶穿過，全第約60公里，近河位於保護區的北訓，發源於四姑娘山東坡，全長約45公里，至磨子溝口與皮條河匯合，稱耿達河（又叫漁子溪）。經耿達於映秀注入岷江，全長約34公里，區內長22公里。中河位於保護區東南部，發源於齊頭岩和牛頭山，全長約30公里。西河位於保護區南部，發源於馬鞍山，全長約37公里，至三江口與中河匯合後，稱郡江（又叫壽溪河），於漩口注入岷江。該區內河水主要靠降水、森林蓄水和冰雪融水補給。四季長流，終年不斷。
氣候類型
臥龍自然保護區屬青藏高原氣候區的東緣，由於本身的地理位置和地形的影響，形成了典型的亞熱帶內陸山地氣候，西風急流南支和東南季風控制了區內的主要天氣過程，冬半年（11月至翌年4月）在乾冷的西風急流南支影響下，天氣多晴朗乾燥，在冷氣流的進退過程中，也常形成降雪或雨，夏半年濕潤的東南季風順河而上，遇到高山冷氣流而形成豐富的迎坡降水，因而溫暖濕潤。隨著海拔的增高，從山谷到山頂形成了亞熱帶（2000米以下）溫帶（2000－2600米）寒溫帶（2600－3600米）寒帶（3600－4400米）高寒帶（4400－5000米）極高山寒凍冰雪帶（5000米以上）等不同的氣候垂直帶譜。"一山有四季，十里不同天"這句話充分反映了臥龍的氣候特徵：保護區管理局沙灣氣象站（海拔1920米）的觀測資料顯示出，該地區的年均相對濕度為80.3%，冬半年（11月至翌年4月）為75.5%，夏半年（5至10月）為84.8%，無霜期180－200天，年均氣溫8.5±0.5℃，7月平均溫17.1±0.8℃，1月平均溫-0.9±2℃，年日照數950±100小時，年降水量890±100mm。
土壤類型
臥龍自然保護區的土壤發育條件多變，受氣候與植被的垂直變化影響，從河谷到山頂，形成了從亞熱帶到冰緣環境的各種土壤類型。
1、山地黃壤：發育在亞熱帶常綠闊葉林下，分布海拔1150－1600米，成土母質為砂岩、石英砂岩，有機質含量15－20%，PH為5.8－6.5，陽離子交換以Ca、Mg為主，交換量為40－50毫克當量/100克土，土壤表層枯枝落葉厚3－6厘米。
2、山地黃棕壤：發育在常綠落葉闊葉混交林下，分布海拔1600－2000米，成土母質為沙岩、千枚岩、石英沙岩，有機質含量10%，PH為5.8－6.5，陽離子交換以Ca、Mg為主，交換量為20－50毫克當量/100克土，土壤表層枯枝落葉厚10厘米。
3、山地棕壤：發育在次生闊葉林及針闊混交林下，分布海拔1900－2300米，成土母質為砂板岩、千枚岩、石英砂碉，有機質含量2－8%，PH為6－6.5，陽離子交換以Ca、Mg、Na為主，交換量為20－40毫克當量/100克土，枯枝落葉層厚10－15厘米。
4、山地暗棕壤：發育在針闊葉林及針闊混交林下，分布海拔2100－2600米，成土母質為千枚岩、砂岩、板岩，土壤有機質含量5－15%，PH為 5.2－5.7，陽離子交換以Ca、Mg、Na、Pb為主，交換量為15－20毫克當量/100克土，表面枯枝落葉層厚達20厘米。
5、山地棕色暗針葉林土：發育在針葉林下，分布海拔2600－3600米，成土母質為砂岩、板岩、千枚岩，有機質含量為8－24%，PH為4－6.0，陽離子交換以Ca、Mg、Na、Pb為主，交換量為10－40毫克當量/100克土，表面枯枝落葉層厚達25厘米左右。
6、五高山草甸土：發育在耐寒灌叢及高山草甸植被帶下，分布海拔3600－3900米，成土母質為砂岩、千枚岩、石英砂岩，有機質含量18%左右，PH為5.7-6.1，陽離子交換以Ca、Mg、Na為主，交換量為32毫克當量/100克土，土壤中石礫含量70%左右。
7、高山草甸土：發育在高山草甸植被帶下，分布海拔3900－4400米，成土母質為砂岩、千枚岩、石英砂岩，土壤有機質含量19%左右，PH為5.8－6.3，陽離子交換以Ca、Mg、Na為主，交換量為10－39毫克當量/100克土，土壤中石礫含量達70%以上。
8、高山寒漠土：發育在高山流石灘稀疏植被帶下，分布海拔4400－5000米，成土母質為砂岩、千枚岩、石英砂岩，土壤有機質含量1－3%，PH為6.8－7.0，陽離子交換以K、Ca為主，土壤中石礫含量達80%以上。
自然資源
植物資源
臥龍自然保護區森林覆蓋面積達11.8萬公頃，約占保護區總面積的56.7%，灌叢草甸覆蓋面積約3.04萬公頃，複雜多變的自然條件造成了植物種類與群落的多樣性。
自然植被：臥龍自然保護區的植物區系起源古老，具有較多的特有種屬和子遺植物。根據植物種類組成和植被的外貌特徵，臥龍的植被可化分為以下6種類型：
（1）常綠闊葉林：分布在海拔1600米以下地段，建群種主要有樟科、山毛櫸科、山茶科和冬青科植物。林內有少量樺木科、槭樹科和胡桃科等的落葉闊葉樹種，林下有大面積的白夾竹（Phyllostachys nidularia）油竹子（Fargesia angustissima）和拐棍竹（Fargesia rebusta），植被外貌四季常綠，季節變化不明顯。
（2）常綠落葉闊葉混交林：分布在海拔1600－2000米地段，建群種中，常綠的有山毛櫸科、樟科等樹種，落葉的有樺木科、胡桃科、槭樹科等樹種，局部地區有連香樹（Cercidiphyllum japonicum）珙桐（Davidia involucrata）水青樹（Te tracentron sinense）領春木（Euptelea pleiospermum）等珍稀的古老孑遺植物伴生，林下層以拐棍竹為主，植被外貌季節變化明顯，春夏深綠與嫩綠相間，入秋則綠、黃、紅、褐等諸色滲雜，冬季僅林冠有少量綠色點綴於白色世界中。
（3）針、闊葉混交林：分布在海拔2000－2600米地段，建群種中，闊葉樹種有紅樺（Betul albo-sinensis）槭樹（Acer spp.）藏刺榛（Corylus forox）椴樹（Ti lia chinensis）等，針葉樹種有鐵杉（Tsuga spp.）表吊杉（Picea brachytyla）四川紅杉（Larix mastersiana）松樹（Pinus spp.）等，林下廣泛分布著拐棍竹，局部地區有大箭竹（Yushania ch ungii）冷箭竹（Bashania fangiana），植被外貌季節變化顯著，春夏呈翠綠色，秋末冬初則七彩斑闌，構成臥龍自然保護區的一大景致。
（4）寒溫性針葉林：分布海拔2600－3600米地段，建群種有表吊杉，多種冷杉（Abies spp.）方枝柏（Sabina saltuaria）四川紅杉等，林下有大面積的冷箭竹，約占全區竹類總面積的50%，局部地區還有大箭竹、華西箭竹（Fargesia nifida），植被外貌呈暗綠色，季節變化不明顯。
（8）耐寒灌叢和高山草甸：分布海拔3600－4400米，耐寒灌叢以紫丁杜鵑（Rhododendron violaceum）牛頭柳（Salix dissa）細枝繡線菊（Spiraea myrtlloides）華西銀露梅（Potentilla glabra）和香柏（Sabina pingil）為主，高山草甸有：以珠芽蓼（Polygonum viviparum）為主的雜草類草甸，以羊茅（Festuca ov ina）為主的禾草草甸，以矮生蒿草（Kobresia humilis）為主的莎草草甸，夏季百花齊放，景色宜人。
（6）高山流石灘稀疏植被帶：分布在海拔4400－5000米地段，主要由多毛、肉質的矮小草本植物組成，如多種鳳毛菊（Saussurea spp.）多種貲耳草（Saxifrag a spp.）多種紅景天（Rhodiola spp.）蚤綴（Arenaria spp.）點地梅（Andresace spp.），另外還有少量的地衣和苔蘚植物。
動物資源
保護區內有各種獸類50多種，鳥類300多種，此外還有大量的爬行動物，兩棲動物和昆蟲。區內分布的大熊貓約占總數的十分之一，被譽為“大熊貓的故鄉”。除了大熊貓外，還有金錢豹、金絲猴、扭角羚、白唇鹿、小熊貓、雪豹、水鹿、獼猴、短尾猴、紅腹角雉、藏馬雞、石貂、大靈貓、小靈貓、猞猁、林麝、毛冠鹿、金雕、藏雪雞、血雉等幾十種珍稀野生動物。鳥類種類繁多，占中國特種鳥類的50%。是世界上古老生物種保存最多最完好的地區之一。這些動物主要生活在2200～3600米之間的氣候溫涼的針闊葉混交林及箭竹林地帶。
動物群落：臥龍自然保護區的動物區系組成，隨海友的增高，東洋界成分逐漸減少，而古北界成分逐漸增多，根據區內的各種自然因素及動物的區系和種類組成，動物的地理分布可劃分為以下5種類群：
（1）亞熱帶南方嘉濕動物群：分布於海拔1150－2000米的常綠闊葉林及常綠落葉闊葉混交林帶，區系組成主要是東洋界的種類，有少量的古北界種類和廣布種。生態地理動物群落是由季負區亞熱帶闊葉林和林灌動物群組成。半樹棲生活的有南亞熱帶的雲豹，暖溫帶的獼猴，中亞熱帶的藏酋猴，亞熱帶的紅腹錦雞，廣泛分布的鳶，以及古北界的雀鷹、松雀鷹、紅腳隼、領鵂鶹、斑頭鵂鶹等猛禽類，林灌型動物有季風區的豹、黃喉貂，北亞熱帶的金貓，中亞熱帶的大靈貓、小靈貓，南亞熱帶的豺和水鹿。山溪水棲的有以魚類為食的水獺，游禽類的鴛鴦和珍貴稀有的兇猛魚類－川陝哲羅魚。
（2）適溫性南北動物群：分布於海拔2000－2600米的針闊混交林帶。動物的區系組成與上帶比較，東洋界種類開始減少，而季風區古北界種類有所增加，生態地理動物群落是由適溫性針闊混交林灌動物群組成，樹棲種類有西南特有的古老動物金絲猴，猛禽類除金雕和鳶等廣布種外，主要是古北界種類，如雀鷹、松雀鷹、普通鵟、棕尾鵟、禿鷲、烏雕、紅腳隼、雕鴞、灰林鴞等，半樹棲的有南亞熱帶的雲豹，中溫帶的黑熊和北亞熱帶的金貓等猛獸，東洋界的紅腹角雉，古北界的勺雞、血雉等。林灌生活的主要是喜馬拉雅橫斷山脈型的大熊貓、小熊貓、林麝等，還有南亞熱帶的水鹿，季風區的黃喉貂等，林緣峭壁活動的主要是北亞熱帶的鬣羚。
（3）寒溫性北方動物群：分布於海拔2600－3600米的針葉林帶。區系組成中，獸類的東洋界成分與古北界成分混雜摻半，而鳥類則主要是古北界種類，樹棲種類主要是古北界種類，如斑尾榛雞、血雉、雕鴞、灰林鴞、松雀鷹、棕尾鵟、普通鵟、烏雕等，另外還有少量的東洋界種類，如金絲猴、紅隼等和廣布種金雕等。林灌生活的主要是大熊貓和小熊貓，林緣有高地型的馬熊、馬麝，林緣峭壁、峰林和岩石間活動的有鬣羚、斑羚、岩羊等。
（4）耐寒性高地動物群：分布於海拔3600－4400米的高山灌叢草甸帶。區系組成主要是古北界的種類，除少量西南地區和北方種類外，主要是青藏高原的高地型動物，西南山地的種類有扭角羚、綠尾虹雉、藏馬雞等，青藏高原高地型的種類有白唇鹿、白臀鹿、雪豹、馬麝、岩羊、雉鶉等，北方型的有石貂，中亞型的有兔獼等，另外還有古北界的普通鵟、兀鷲、胡兀鷲等大型猛禽。
（5）耐高寒的青藏高原動物群：分布於海拔4400米以上的流石灘稀疏植被帶。如雪豹、白唇鹿、白臀鹿、岩羊、雪鶉、藏雪雞等。它們全屬青藏高原向東延伸的種類。
重要物種
獸類
有86種，錄屬7目24科，其中齧齒目7科26種，食肉目7科23種，食蟲目3科14種，偶蹄目3科12種，翼手目2科6種，兔形目1科2種，靈長目1科3種。
區系組成複雜，它既有北方的種類（如全北界特有的鼠兔科、跳鼠科及主要分布於全北界的鼴鼠科），也具有南方的種類（如舊大陸熱帶－亞熱帶特有的竹鼠科及主要分布於這一地區的猴科、靈貓科和豪豬科），更具有橫斷山脈－喜馬拉雅山脈特的有或主要分布於這一地區的獸類，如大熊貓、小熊貓、四川水麝鼩、蹼鼩等。
從獸類的區系從屬關係來看，可以分為以下幾個類型：
（1）古北種：主要或完全分布於古北界的種類，共26種，占保護區已知獸類種數的30.21%，如狼、狐、藏鼠兔和岩羊等。
（2）東洋種：主要或完全分布於東洋界的種類，共54種，占62.79%，台馬鐵菊頭蝠、短尾猴、獼猴、金貓、雲豹、大熊貓、小熊貓、四川短尾鼩和毛冠鹿等。
（3）廣布種：廣泛分布於古北界、東洋界的3種，即香鼬、野豬和小家鼠，占保護區的3.5%。
（4）區系從屬關係不明者3種，占3.5%。
由於該區地勢相對海拔高度變化大，獸類垂直分布差異明顯。其趨勢是隨著海拔高度的增加，各垂直帶的獸類種數遞減，古北種逐漸增加，東洋種、廣布種逐漸減少。除高山灌叢草甸帶外，各帶中占優勢的是東洋種，占種數的75%以上，而古北種均在21%以上。
獸類中不少種類是我國特產或主產的珍稀動物，其中屬於國家一類保護動物的有熊貓、金絲猴、牛羚和白唇鹿等四種，其數量除白唇鹿外均較大；屬於國家二類保護動物的有獼猴、短尾猴、小熊貓、兔猻、金貓、猞猁、雲豹、豹、雪豹、林麝、馬麝、毛冠鹿、水鹿、白臀鹿等14種；屬於國家三類保護動物的有石貂、大靈貓、小靈貓、斑羚、鬣羚、岩羊等六種。
除國家規定的保護動物外，毛皮獸和製革用的動物種類共22種，如黃鼬、赤狐、黃喉貂、貉、果子狸、豹貓、小鹿、豺和豬獾等。藥用動物的種類也較多，其中許多屬於國家保護動物，如林麝、馬麝、水鹿和白唇鹿等；此外如猴、豹、鬣羚和斑羚等的角或骨均可入藥。
鳥類
該區共有鳥類232種和另3亞種，隸屬13目38科，其中繁殖鳥212種，非繁殖鳥20種。在繁殖鳥中，其區系從屬關係可分為三個類型：
（1）古北種：有113種，占繁殖鳥種數的53.3%；
（2）東洋種：有85種，占40.1%；
（3）廣布種：有14種，占6.6%。
該區鳥類在區系組成上，古北界與東洋界的種類互相滲透，混雜十分明顯。例如有屬於古北界華北區的雨燕，有屬於典型的青藏高原種類的雪鶉、雪雞、雉鶉、岩鷚、林嶺雀、高山嶺雀和多種朱雀等；有屬於北方型的旋木雀、牛采伯勞等；有屬於東洋界而為西南區特有的種類如血雉、綠尾虹雉、斑尾榛雞等；也有在東洋界特別繁盛而分布在該區的畫眉類、山椒鳥和太陽鳥等；還有主要分布於華中區的紅腹錦雞。
各垂直帶的鳥類其種群替代現象明顯，從亞熱帶常綠闊葉林帶到高山灌叢草甸帶，古北種的種數及其占繁殖鳥類種數的百分率逐漸增加，各帶東洋種的種數及其占該帶繁殖鳥類種數的百分率隨海拔的增高而降低；廣布種的種數及其所占百分率也是隨海拔的增高而明顯地降低。
在保護區內珍稀鳥類也不少，屬於國家二類保護動物的有紅腹角雉、綠尾虹雉、藏馬雞等三種；屬於國家三類保護動物的有金雕、藍馬雞、血雉三種。區內有我國特產的鳥類29種，占全國特產鳥類的50%，如斑尾榛雞、雉鶉、綠尾虹雉、橙翅噪鶥、酒紅朱雀等。羽用鳥類有20種，主要是雉類、鹰鵰類，尤其是雉科鳥類達11種之多，數量也較大，它是重要的狩獵鳥類。在保護區內，僅食蟲鳥類就達69餘種，另外還有蒼鷹、鴞類等。
爬行類
該區爬行類共有14種，隸屬於2目5科，其中蜥蜴類三種即蝘蜒、康定滑蜥和白條草蜥；蛇類11種即美姑脊蛇、橫斑錦蛇、紫灰錦蛇、頸槽游蛇、斜鱗蛇、翠青蛇、福建頸斑蛇、烏梢蛇、麗紋蛇、菜花烙鐵頭、山烙鐵頭等。其中美姑脊蛇、橫斑錦蛇僅見於四川，可能是四川盆地西緣山地的特有種。區內爬行類均屬東洋界成分。
大部分蛇類均分布於海拔2500米以下的地區，菜花烙鐵頭是有毒蛇，在保護區內為優勢種。蝘蜒、斜鱗蛇、頸槽游蛇等為常見種。
兩棲類
該區兩棲類共有10種，隸屬於2目4種，其中有尾目一種即西藏山溪鯢；無尾目九種，即沙坪角蟾、多頂齒突蟾、寶興齒蟾、華西蟾蜍、沼蛙、日本林蛙、花臭蛙、理縣湍蛙、四川湍蛙等。
就上所述兩棲類的區系成分來看，均為東洋界成分，其中沙坪角蟾、金頂齒突蟾和理縣湍蛙是四川特有種。沙坪角蟾在二十一世紀初僅分布於四川盆地西緣山區，金頂齒突蟾早在三十年前首次在峨眉山金頂發現，這裡是它的第二個分布區。北方山溪鯢、華西蟾蜍、四川湍蛙主要分布於西南區；寶興齒蟾在2012年時僅分布於四川、甘肅；其餘種類主要分布於華在區、華南區。
魚類
有6種，即齊口裂腹魚、重口裂腹魚、細尾條鰍、石斑鮡及兩種未定名的條鰍，隸屬於2目3科。
六種魚都是定居型魚類，就其區系從屬關係看，兩種裂腹魚和三種條鰍屬於中亞高原山區區系複合體，是高寒冷水性魚類，屬古北界成分；石斑鮡屬於中印山區區系複合體，是適應急流水域的典型代表，屬東洋界成分。所以保護區的魚類應屬古北界，但有個別東洋界的種類滲入。
保護對象
植物
物種多樣性：臥龍自然保護區曾與四川省南充師範學院生物系合作考察、收集植物標本達5000多號、20000多份，還鑑定出植物種類數近4000種；發現新種和變種10個，記錄在案的高等植物有217科、814屬、1989種，其中，苔蘚植物174種，約占四川種數的8.29%，蕨類植物191種，約占全國種類數的8.3%，四川種數的20.0%，被子植物1604種，約占全國種數約6.6%，四川種數的18.98%。
珍稀瀕危植物：臥龍自然保護區內有國家重點保護的珍稀瀕危植物245種，其中屬國家一級保護有珙桐（Davidia involucrata Baillon）水杉（Metasequ oia glyptostroboides Cheng），二級保護的有伯樂樹（Bretschneidera sinensis）連香樹（Cercidiphyllum japonicum）光葉珙桐（Davidiainvolucrata var. vilmoriniana）香果樹（Emmenopterys henryi）杜仲（Eucommia ulmoides）銀杏（Ginkgo biloba）胡桃（Juglans sp.）四川紅杉（Larix mas tersiana）水青樹（Tetracentron sinense），三級保護的有：黃蓍（Astrgal us menbranaceus）黃連（Coptis chinensis）金線槭（Dipteronia sinensis）八角蓮（Dysosm a versipellis）領春木（Euptelea pleiospermum）天麻（Gastrodia elata）厚朴（Magnolia officinalis）扇蕨（Meocheiropteris palmatopedata）黃薜（Phelloclendron amurense）垂枝雲杉（Picea brachytyla）筇竹（Qiongzhuea tumidinoda）大葉柳（Salix magnifica）延齡草（Trillium tschonoskii）。
（3）資源植物 ：臥龍自然保護區森林茂密，木材蓄積量近兩千萬立方米，有藥用植物870種，是四川藥材的重要產區，天麻、貝母、水母雪蓮、黃芪等名貴藥材產量豐富。有油脂類植物80種，澱粉及糖類植物42種，纖維類植物60種，單寧類植物42種，芳香類植物28種，此外，臥龍還出產大量的可食菌類、蕨苔，構成山珍野味的一部分。
動物
物種多樣性：臥龍自然保護區曾與西華師範大學生物系珍稀動植物研究所合作考察，記錄在案的動物有2200種左右，其中昆蟲約1700多種，脊椎動物437種。有獸類7目23科109種或亞種，占四川種數的50%；鳥類13目43科281種3亞種，占四川種數的52%；爬行類1目5科21種；兩棲類有2目5科18種；魚類有3目5科11種。
珍稀瀕危動物 ：臥龍自然保護區由於特殊的自然環境與地理位置，保存了不少古老子遺動物，是我國大熊貓的主要分布區，大熊貓的數量約占全國總數的10%，列為國家重點保護的珍稀瀕危的高等動物有57種，其中一級保護的有大熊貓（Ailuropoda melanoleuca）、金錢豹、金絲猴（Rhinopithecus roxellanae）等13種。二級保護的有獼猴、藏酋猴等44種。
發展規劃
臥龍自然保護區始建於1963年，面積2萬公頃，是中國最早建立的綜合性國家級保護區之一。1974年3月面積擴大到20 萬公頃。1980年加入聯合國教科文組織“人與生物圈”保護區網，並與世界野生生物基金會合作建立中國保護大熊貓研究中 心。1983年7月，省政府，原林業部聯合作出了將四川省汶川縣臥龍特別行政區改為四川省汶川臥龍特別行政區的決定，與臥龍自然保護區管理局合署辦公的綜合管理體制。
國家和四川省命名臥龍自然保護區為“科普教育基地”“愛國主義教育基地”。
多年來，臥龍自然保護區著眼於建設一流的國家自然保護區目標，堅持保護和合理利用的方針，特別是大熊貓的研究取得了突破性進展，1990年至2001年已成功地人工繁殖大熊貓34胎，51仔、成活42仔，現已同山東魯能信誼旅遊集團簽訂開發協定，力爭實現2005年前建成大熊貓生態旅遊勝利的目標。在2012年當時，區內經濟得到有效發展，人民生活水平顯著提高。基礎設施建設發生根本性改善，保護區的建設和發展向符合中國國情的良性循環方向發展。
設計理念
臥龍自然保護區的“中華大熊貓園”的規劃設計，把生態資源、研究實踐、拓展建設、長遠發展結合起來，把就地取材、因勢利導、順應自然與生態建設結合起來。通過大熊貓野化馴養區、大熊貓產仔區、大熊貓野外放歸過渡區、大熊貓野外放歸試驗區等互動一體的功能區的規劃設計，成功的完成了“保護是前提，研究為中心，放歸是目的”的指導思想。為提供更多更最佳化更合乎自然的物種研究大熊貓創造了更優秀的條件，使臥龍名符其實成為世界上最生態、最優秀、最先進、最前衛的保護、研究大熊貓的中心，進一步得到黨和國家的領導人、世界野生生物基金會領導及有關專家、學者的矚目和關心。
創造原生環境中的大熊貓生態景區，與一般意義上的野生動物園和主題公園有顯著差別，它並不是簡單地將不同生長環境中的動物集中到一處野生動物園或主題公園進行餵養；臥龍是大熊貓的原生地，將大熊貓放歸野外，實行半野生放養的這一科學試驗，為進一步將人工繁殖的大熊貓完全放歸自然提供了探索性思路，真正實現自然生態原則。我們力圖通過對此項目的規劃設計，來凸現臥龍大熊貓資源的地域特徵及生態景觀的唯一性，打造出中國生態景區的一個世界級品牌"熊貓之鄉"。
