檢查方法
1.遺傳學檢查
在葉酸或胸腺嘧啶缺乏的培養條件下可見到脆性位點Xq27.3處的裂隙或隨體樣結構；也可用葉酸抑制劑誘導發現脆性位點，但是會出現假陽性或假陰性結果，女性攜帶者的假陰性率較高，需結合其他檢查。
2.分子生物學檢查
（1）Southern 印跡雜交：FMRl基因5’端非編碼區CGG異常擴增和其上游CpG島異常甲基化，使特異性的甲基化酶切位點無法被甲基化敏感的限制性內切酶識別。套用甲基化敏感的限制性內切酶酶切並與探針進行雜交，分析雜交後DNA片段大小，了解CGG重複次數和CpG島甲基化程度，從而對脆性X綜合徵進行診斷，Southern一印跡分析是目前最主要的確診方法。。
（2）常規PCR：檢測CGG的重複次數，瓊脂糖凝膠電泳分析擴增產物，檢測脆性X染色體突變位點的CGG重複情況，及其長度多態性。常規PCR法可診斷出正常和CGG重複次數較少的前突變攜帶者，但CGG重複次數較多的前突變攜帶者和全突變患者。無法套用常規PCR法進行診斷。改良，如基因組DNA首先被甲基化敏感的限制性內切酶酶切後，再PCR檢測(CGG )n 拷貝數。。
(3)三核苷酸重複引物PCR(TP-PCR):實驗操作簡便，只需要通過一次PCR擴增，之後行1次毛細管電泳，具有超強的擴增體系，可擴增>1300的CGG重複，對於<200CGG重複，可以算出精確重複數，精確區分1個CGG的差異，獨創“錨定引物PCR擴增，可判斷出女性基因是雜合子還是純合子，及AGG的嵌入數，靈敏度高，DNA需求量少。
(4)甲基化特異性多重連線探針擴增技術(MS-MLPA) 技術:能夠同時檢測FMR1基因拷貝數及其上游 CpG島甲基化狀態, 有助於對前突變、全突變樣本 CpG 島甲基化狀態進行確認, 並能檢出較為罕見的 FMR1 基因缺失。
方法評價
脆性X綜合徵實驗室檢查的方法主要是Southern 印跡雜交目前是FMR1甲基化狀態的金標準，但操作繁瑣，敏感性不穩定，可能漏診和誤診，不適於大規模人群篩查。PCR方法，包括改良的PCR方法，酶切不徹底，受高(CGG )n 含量序列影響，只能定量分析男性標本，對女性標本無法檢測。
TP-PCR, 實驗操作簡便，可判斷出女性基因是雜合子還是純合子，及AGG的嵌入數，特異性高、敏感性強，結合MS-MLPA技術是目前主流檢測方法，兩者結合，還可以對胎兒進行產前檢查。。
