人物生平
1801年7月14日，穆勒出生於德國科布倫茨。父親是一個貧窮的鞋匠。
1819年進入波恩大學。這裡的醫學領域的人員深受自然哲學思想的影響，穆勒接受了並支持這種思想。然後他到柏林大學學習。在這裡受到卡爾·魯道菲的嚴肅、精確的研究風格的影響，排斥不是建立在嚴格的自然觀察基礎上的生理學體系。
1824年他在波恩大學成為一名講師，教授生理學和比較解剖學。在他的就職演講“生理學——一個需要哲學視角的自然科學”中，闡述了自己的科學研究觀點，認為生理學研究需要結合實證觀察得到的事實和哲學思考。1826年晉級為副教授。1830年成為教授。
1833年到柏林大學，繼任魯道菲的職位開始擔任生理學和解剖學教授直至去世。
1834年他當選為瑞典皇家科學院外籍成員。
在1827年、1840年以及1848他幾次患抑鬱症，導致他短期無法工作。這可能與他的燥狂抑鬱性情有關係，並導致1858年他的離世。
穆勒曾前後19次到波羅的海、（歐洲）北海、亞得里亞海和地中海研究鹹水生物。
1899年，科布倫茨立起一尊穆勒的銅像以示對他的紀念。
人物作品
他的作品除了《生理學原理》外還有：
•De Respiratione Fœtus (Leipzig, 1823), a prize dissertation
•Zur vergleichenden Physiologie des Gesichtssinns (1826)
•Über die phantastischen Gesichtserscheinungen (1826)
•Bildungsgeschichte der Genitalien (1830), in which he traced the development of the Müllerian duct
•De glandularum secernentium structura penitiori (1830)
•Beiträge zur Anatomie und Naturgeschichte der Amphibien (1832)
•Der Tabak in geschichtlicher, botanischer, chemischer und medizinischer Hinsicht (Berlin, 1832)
•Vergleichende Anatomie der Myxinoiden (1834–1843)
•Ueber die organischen Nerven der erectilen männlichen Geschlechtsorgane . . . (Berlin, 1835)
•Ueber den feineren Bau der krankhaften Geschwülste (“On the structural details of malignant tumors,” Coblenz, 1838), unfinished — a pioneering use of microscopical research in the investigation of pathological anatomy
•Systematische Beschreibung der Plagiostomen (1841) with F. G. J. Henle
•System der Asteriden. Braunschweig: Friedrich Vieweg und Sohn. (1842) with F. H. Troschel
•Horae ichthyologicae (1845–1849) with Troschel
•Über die fossilen Reste der Zeuglodonten . . . (1848)
•Über Synopta digitata und über die Erzeugung von Schnecken in Holothurien (1852)
研究成就
穆勒在生理學領域作出很多貢獻，尤其是提高了人們對視覺、聲音、語言和聽力的理解，以及淋巴、乳化脂肪和血液的化學和物理性質。
他的最早的重要作品《視力的比較生理學機制》（1826）和《論視幻覺》（1826）具有主觀哲學傾向。前者涉及動物和人類的視覺以及人類表情的研究。後者涉及視覺的心理學問題。在《論視幻覺》中，穆勒認為眼睛不僅對外部世界做出反應，還對人的想像引發的內部刺激做出反應，從而導致了是幻覺的產生，因此對於有些人聲稱看到聖像、鬼魂、幽靈，實際上可能只是在受到光線刺激後認為這是外界實際存在的事物，而實際上並非如此。
他還研究了傳入神經和傳出神經問題，進而闡述了“反射活動”的概念。通過青蛙實驗，他進一步驗證了查爾斯·貝爾和弗朗西斯·馬讓迪發現並以二人命名的貝-馬定律。他研究了多種低等動物的神經系統，腺體的複雜結構及分泌過程。在研究生殖系統的過程中，他發現了後來以他的名字命名的穆勒氏管（又譯苗勒氏管，即副中腎管）。他還對血液和淋巴的成分、凝血的過程、青蛙淋巴心的結構、視網膜成像原理以及聲音在中耳的傳播做出了研究。
在柏林大學教學期間，受到西奧多·施旺關於細胞是生物體基本單位的的論證的影響，他開始研究癌細胞，並於發表了《論癌細胞的性質和結構及熔易與之混淆的病態腫塊》（1838），使病理組織學成為一門獨立的學科分支。
穆勒後期的研究逐漸轉移到比較解剖學和動物學，尤其是研究鳥類、魚類和海洋無脊椎動物，發明和改進了魚類、鳥類的分類標準。
人物評價
穆勒是是19世紀德國生理學領域最著名的人物。英國自然史學家愛德華·福布斯1841年在他的著作《英國海星及其他棘皮類動物史》稱，“柏林的穆勒，活著的最偉大的生理學家之一”。
《新國際百科》中稱他為“那個時代最精湛的、準確的和有影響的生理學家和生物形態學家”。
