抗日戰爭之前
張謇1911年（清宣統三年）10月，辛亥革命爆發，為回響武昌起義，南通成立了軍政府，張詧為軍政府總司令，熊輔龍為軍醫處軍醫，在城南昭武院創辦了通州醫院（即現通大附院）。
1912年（民國元年）3月，張謇、張詧在南通城南昭武院舊址創辦“私立南通醫學專門學校”，設西醫科。8月，張謇、張詧出資13700餘元，將南通城南古廟昭武院改建為校舍。
學校起初無校舍，借南通廟宇招生授課。張謇派熊省之去日本千葉醫學專門學校學習。熊省之獲學士學位即回國協助張謇、張詧創辦南通醫學專門學校，設西醫科，學制為預科1年、本科4年，校名和教學內容等基本仿效日本。創校初期，張謇請熊省之擔任學校第一主任兼南通醫院院長，並聘請從日本留學回國的李希賢（畢業於千葉醫學專門學校）、趙鑄（畢業於長崎醫學專門學校）任教師兼醫師。
1913年4月，建成房屋73間，迴廊雨道37間。同年，張謇兄弟又出資16400餘元，在學校附近購地11.7畝，擴建南通醫院，供學生實習。
1914年6月，醫院建成，張謇題寫院名”南通醫院“，後改稱附屬醫院（即今天的南通大學附屬醫院）。12月，張謇題寫校訓：“祈通中西，以宏慈善”。
1916年1月16日，學校舉行首屆畢業典禮，張謇到會致訓詞，勉勵學生“存不欺心”。
1917年，增設中醫科，學制為預科1年、本科4年。張謇主張學生先學中醫數年，然後再學西醫，規定中醫科學生畢業後再學西醫科者免繳學費。
1918年7月，張謇出錢向德國購買X光機、手術器械、化學儀器等大小數百件，充實學校和醫院。
1919年下半年停辦預科。是年，張謇選派10多名成績優異的學生去日本三井醫院、順天堂醫院、上井醫院進行畢業實習。之後又派教師和學生去日本東京帝國大學、大阪醫大、神戶醫大等高等學校參觀訪問。
南通醫學專門學校 校訓1920年，私立南通醫學專門學校聘德國外科專家夏德門（Dred Schel Demann）醫學博士，任南通醫院總醫長兼教員。
1921年在教育部立案後，遵部章取消中醫科。自1912年學校創辦至1926年張謇逝世，南通醫學專門學校先後畢業西醫本科生168名，中醫本科生37名。
1927年，私立南通醫學專門學校更名為私立南通醫科大學，醫院更名為南通醫科大學附屬醫院。改為醫科大學後，學制五年，辦了三屆，第四屆起學制改為六年。
張孝若1928年8月，經過私立南通大學籌備委員會五次會議的認真討論和慎重研究，張孝若將私立南通醫科大學、私立南通紡織大學和早在1919年就已定名的私立南通農科大學合併，定名為私立南通大學（Nantung University），農、醫、紡三所高校分別成為私立南通大學的農科、醫科、紡科，張孝若出任校長，李希文、王志鴻、張誼分任醫、農、紡織三科科長，醫院更名為南通大學醫科附屬醫院。私立南通大學成立後隨即上報南京國民政府教育部備案待批。
1928年9月17日，私立南通大學籌備委員會在私立南通大學農科校區召開第五次會議，討論禮聘校董事宜，決定敦聘李煜瀛、于右任、李宗仁、秦汾、何玉書、錢永銘、張軼歐、許璇、榮宗敬、周威、吳兆曾、徐肇鈞、褚民誼、張孝若、王志鴻、李希賢、陸費執、戴尚文、張誼之社會名流、國民政府軍、政要員十九人組成私立南通大學校董會（Nantung University Board of directors）。校董會陣容如此強大、校董威名如此顯赫，為當時私立大學所罕見。
1929年，私立南通大學的經費總額為32300銀元。
為讓師生在課外能有更多的學習、研究、休息和遊樂場所，張孝若校長還將張謇先生創辦的圖書館、博物苑劃歸南通大學。私立南通大學一時聲名鵲起，享譽全國。張謇先生的由國小到大學循序漸進的辦學思想，至此已完整展現。
1930年11月，私立南通大學暫更名為私立南通學院，繼而成為私立南通學院醫科。
1932年，聘請義大利籍醫學博士貝貢新（Bergonzlnl），擔任細菌學、醫化學教授。
1928年私立南通大學校旗、校徽張謇一貫重視教育，他在自訂年譜中寫到”自見乙未馬關訂約，不勝憤 恥，即注意實業、教育二事”。他還說：“父實業，母教育”。張謇本著“實業救國，教育為本”的宗旨，於19世紀90年代創辦一批工廠的同時，還興辦了師範、農業、紡織、水利、商科等三百七十多所大、中、國小。
南通醫學專門學校張謇認為“醫之發達與否，有關民族之強弱，人生所需不可無醫”。1919年張謇在《為溝通中西醫學致閻督軍函》中說：“醫但言理則空，藥各有則實。必實而後空可證，必空而後實可神”。學校重視理論與實際相結合，教學人員既是教師又是醫生，注重培養學生實際工作能力，畢業出來的學生動手能力較強。自1912年創辦至1926年張謇逝世，南通醫學專門學校畢業的西醫本科生共168名，中、西醫兼修本科生共37名。
張謇重才愛才惜才用才，先後有熊省之、沈堯階、俞國鈞、趙鑄、李希賢、黃鳴鵠等留學生和國內醫科大學畢業生願意投身於西醫教育事業，慕名到私立南通醫學專門學校任教。與此同時，張謇還積極從自己的學校選派並資助優秀畢業生到國外學習深造，學習西方先進的科學技術和管理知識，學成後回母校工作。
在教師的選聘方面，張謇、張詧堅持五湖四海、唯才是聘的原則，用人不但打破了地方觀念，甚至打破了國界。張謇和張詧不拘一格，廣納賢才，選聘優秀教師，主要採取了兩種辦法。
1928年南通大學校董一覽表第一，是“採訪本國散在各國大學畢業之學生，招致回國”，或“訪已在各國學高等各科學者，助其學費，令入大學，分門學習，訂立志願書，學成歸國，盡大學教員與助費年期相當之義務”。由於張謇重才愛才惜才用才，先後有熊省之、沈堯階、俞國鈞、趙鑄、李希賢、黃鳴鵠等留學生和 國內醫科大學畢業生願意投身於西醫教育事業，慕名到私立南通醫學專門學校任教。與此同時，張謇還積極從自己的學校選派並資助優秀畢業生到國外學習深造，學習西方先進的科學技術和管理知識，學成後回母校工作。
私立南通醫學專門學校(私立南通大學醫科)，不僅為社會培養了一批醫務人才，而且為本校培養了一批師資。畢業生戴尚文畢業後曾擔任過南通醫院院長，後去日本留學，回國後又到母校擔任教學工作；張念和、朱宏之、殷士豪等畢業後到日本留學，回國後到母校任教；瞿立衡畢業後，到德國留學，在柏林大學獲得博士學位，回國後擔任南通學院醫科科長兼任教學、醫療工作；徐光明、黃思憲、張炎等畢業後，都曾在母校任教。這批本校畢業生中，擇優選送出國的留學生，學成歸國後都成為20年代末期學校教學、醫療、科研、管理的骨幹。
第二，是聘用外國的專家學者。張謇主張“於用人一端，無論教育實業，不但打破地方觀念，並且打破國家界限。人我之別，完全沒有的，只要那個人能擔任，無論中國人外國人都行”。1920年，私立南通醫學專門學校聘德國外科專家夏德門博士，任南通醫院總醫長兼教授。1932年，聘請義大利籍醫學博士貝貢新擔任細菌學、醫化學教授。
抗日戰爭期間
1937年下半年，因日本帝國主義擴大侵略戰爭，南通學院被迫停課。醫科和附屬醫院人員設備全部被遷到揚州。
戰後的私立南通學院本部1938年2月，南通學院醫科附屬醫院被國民政府軍政部正式命名為第七重傷醫院，投入到抗戰第一線，先後救治了600多名從上海等地送來的重傷病員。之後，第七重傷醫院輾轉來到湖南衡陽。
1938年8月，農、紡兩科遷滬複課，醫科則隨軍移至湖南源陵，與江蘇省立醫政學院合併組建“國立江蘇醫學院”，南通學院醫科由此中輟，1927年至1938年醫科畢業生共237名。12月，江蘇醫學院遷到了貴州貴陽借當地校舍辦學。
1939年，學校遷到了重慶的北碚，並成立了附屬醫院，由於重慶當時經常受到日本飛機的轟炸，學校組建了多支空襲救護隊和流動醫療隊，每次敵機一來，便上街救人。
抗日戰爭勝利後
南通學院成立的還校辦事處1945年，抗日戰爭勝利，南通學院師生準備遷回南通，在南通學院本部成立了還校辦事處，接管已滿目瘡痍的校舍校具。是年，國立江蘇醫學院準備整體遷至鎮江，私立南通學院報告要求在原址恢復醫科，當時的國民政府教育部隨即批准了此報告，於是，遠在重慶的國立江蘇醫學院部分（原南通學院醫科）師生從重慶碼頭登船，一路順流而下回到了南通。
醫科的恢復等於重建，教師隊伍系重新組織，儀器設備系重新添置，為了辦好醫科，南通學院當時的常務校董張敬禮（原醫學專門學校首任校長張詧之子）特從大生紗廠拿出16億法幣，買下了國民黨政府接管的日寇所辦“江北醫院”，作為醫科附屬醫院，充實醫科、重建南通學院醫科附屬醫院。
1946年秋，在滬農、紡科一年級遷回南通複課。是年，國立江蘇醫學院其餘部分遷至鎮江。（1957年，江蘇醫學院由鎮江遷至南京，並更名為南京醫學院，南京醫學院之後發展出南京醫科大學、南京中醫藥大學、揚州大學醫學院、江蘇大學醫學院）
1946年，私立南通學院（Nantung University）醫科正式恢復，並招收新生。
醫科從重慶坐船回南通1949年2月，南通解放後，醫科招收五年制本科生。
1952年，全國高等學校院系調整，南通學院（Nantung University）農科、紡科分別遷往外地。南通學院醫科於1952年11月7日改為公立，定名為蘇北醫學院。1952年秋，南通學院醫科附辦了一期三年制醫療專科班。
1956年，因蘇北區黨委建制合併，蘇北醫學院又改名為南通醫學院。
1957年7月，南通醫學院被遷往蘇州，改為“蘇州醫學院”，在南通留設“蘇州醫學院南通分部”，並保留附屬醫院。
1958年8月，蘇州醫學院南通分部又更名為南通醫學院，隸屬省管。
南通醫學院辦公樓東二院1978年9月，經國務院批准改為交通部和江蘇省雙重領導，以交通部為主。
1992年11月，南通醫學院、蘇州醫學院相繼舉辦八十年校慶，兩校元老、教授互訪致賀。南通醫學院前院長顧爾鑰曾為此賦詩為證：“夾岸弦歌源一家，育才除疾績堪夸；春秋八十同聲頌，江北江南姐妹花”。
1996年9月，日本德島大學校長武田克之訪問南通醫學院時曾賦詩兩首盛讚通醫、蘇醫兩校：“兩校成摯友，真心慧眼求；互勉爭貢獻，醫技千古秀”。“濠碧江泓，人情醇濃；我愛南通，兩校互敬；友情豐美，一帆風順，賓至如歸”。
2000年，蘇州醫學院於併入蘇州大學，成立蘇州大學醫學院（2008年，更名為蘇州大學醫學部）。
2004年，參與組建公立南通大學（Nantong University），成立了南通大學醫學院，後分出護理學院、公共衛生學院、生命科學學院等。至今，通大醫學院與蘇大醫學部仍然經常交流、共同成長。
傑出校友（部分）
瞿立衡（南通嚴家灶人，1918年考入私立南通醫學專門學校，時年僅15歲，學了四年中醫、四年西醫，1925年在張謇的自助下遠赴柏林大學繼續深造，1930年獲得醫學博士學位，回國後擔任過兩任南通學院醫科科長，總時長達10年）；
顧爾鑰（1919-2000年，江蘇南通人。1939年參加革命工作，同年加入中國共產黨。1950年至1956年先後任私立南通學院、蘇北醫學院、南通醫學院院長；1952年至1956年先後任南通學院、蘇北醫學院、南通醫學院黨委書記）等。
