始祖王且祿，明洪武三年（1370年）受鄧愈招撫，安置於河州癿藏，委任為撫番頭目，奉守烏龍、癿藏、紅崖三關，火燒嶺一隘，管轄癿藏、紅崖、端言、迭古、回回、仰化6族。
嘉靖三十年（1551年），明廷給王官卜矢加（王且祿子）發金牌一面，勘合一道，內開"癿藏大族，招中納馬"。王官卜矢加死後因無子由其弟王賞卜襲撫番頭目，因其"剿虜有功"，加授軍衛總旗。第四代王揣目因"屢出口斬獲虜首"，以功升授河州衛世襲百戶，又升正千戶，繼升起台堡守備。崇禎元年（1628年）第五代王國柱襲百戶，因"剿賊有功"升指揮僉事。
清順治二年（1645年）王國柱及子拱斗率所部投誠清軍，被清廷加授衛都司，並在河州任副將。
順治五年（1648年），王國柱又因領土兵赴河州守御，鎮壓甘、涼、河州反清義軍，"歷諸戰功"加授游擊。第六代王拱斗，承襲其父指揮僉事職，頒給敕書一道，號紙一張。康熙十四年（1675年）"吳逆變亂，兼西夷犯境"，調王拱斗為青海同仁保全堡守備，"防邊無虞"。又調拱斗之子王吉臣領土兵200名，收復臨洮，拔防河州、洮、岷界之景古堡，拱斗被誥封"明威將軍"，頒誥敕二道。第七代王吉臣，守御景古堡三年，未襲。第八代王鎮海於康熙二十八年（1689年）赴部襲授河州衛世襲百戶，頒敕一道，號紙一張。第九代王統西於乾隆四年（1739年）襲百戶。
乾隆五年閏六月十九日'"。王統西死後因無子，由其弟王維西之子王車位在乾隆十五年（1750年）襲百戶職。至乾隆四十年（1775年），第十一代王斌襲百戶，仍管六族，有土兵200名，因功破格賞五品頂戴，以後承襲失考。
民國20年（1931年），廢出土司制度，將土司編入民籍。癿藏王土司不久破產，其產業被馬步芳家族所吞併。
