主要職能
（一）貫徹落實國家和省衛生（含中醫藥）工作的方針、政策、法規，擬訂地方規範性檔案、管理辦法和衛生事業發展規劃，並組織實施。
（二）擬訂區域衛生規劃並組織實施，指導各縣（區）合理配置衛生資源。
（三）擬訂農村衛生、社區衛生、婦幼衛生（含母嬰保健）工作規劃、標準、規範和措施，指導全市初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）制定重大疾病的防治規劃，組織對重大疾病的綜合防治。
（五）擬訂全市醫療衛生機構（包括中醫機構）設定規劃並組織實施；貫徹實施衛生技術人員職業道德規範，貫徹落實醫務人員執業標準、醫療質量標準，規範服務行為。
（六）擬訂全市醫學科研和醫學教育發展規劃，組織推廣醫學科研成果的普及套用。
（七）依法監督管理血站的采供血及臨床用血質量，協調組織全市無償獻血。
（八）擬訂衛生人才發展規劃，組織、指導全市衛生技術人員資格認定和職稱評審，組織實施衛生機構編制標準。
（九）依法監督管理全市傳染病防治和食品、化妝品質量管理規範工作。
（十）貫徹中西醫並重方針，推進中醫藥的繼承與創新，推動中醫藥現代化。
（十一）組織調度全市衛生技術力量，對重大突發疫情、病情和自然災害中的傷病員實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病發生、蔓延。
（十二）會同有關部門負責衛生部門涉外事務，發展對外衛生技術交流、合作和援外工作。
（十三）承擔市愛國衛生運動委員會、市幹部醫療保健領導小組的日常工作。
（十四）管理屬下事業單位。
（十五）承辦市委、市人民政府和省衛生廳交辦的其他事項。
內設機構
（一）辦公室
指導全市衛生系統法制宣傳教育；負責衛生行政複議；研究提出全市醫療衛生服務價格建議；管理和安排市級衛生事業經費；監督局直屬單位財務開支、設備購置和基建投資年度計畫的執行，指導農村基層衛生機構的設備和改造建設；負責衛生統計分析。
（二）醫政科
研究指導全市醫療機構改革，擬訂全市醫療機構的設定規劃、管理制度和服務標準，組織實施醫護人員執業標準、服務規範和職業道德規範；監督醫療機構的醫療護理質量和服務質量，依法監督管理血站的采供血及臨床用血質量；負責中外合資醫療機構和境外醫師來潮行醫的管理；負責醫療事故處理、醫療廣告審查和擬訂衛生科技教育發展規劃和管理辦法；組織協調醫學科技成果的普及套用；負責衛生教育、培訓工作；協助有關部門制訂高、中等醫學教育規劃和招生計畫。指導全市區域衛生規劃的實施和衛生資源的合理配置；對重大突發病情實施緊急處置；擬訂農村衛生、社區衛生的發展規劃和服務標準；承擔市幹部醫療保健領導小組的日常工作。
（三）預防保健與衛生監督科（掛市愛國衛生運動委員會辦公室牌子）
負責對衛生執法的監督。監督管理全市食品、環境、學校衛生等。監督管理全市職業、放射、勞動衛生和大型醫療設備套用質量等。 擬訂傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃並組織實施；擬訂全市衛生防疫機構建設規劃和基層防保組織工作規範並組織實施；組織調度全市衛生技術力量，對重大突發疫情、實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延；擬訂婦幼衛生（含母嬰保健）的發展規劃和服務標準，組織、指導初級衛生保健規劃、母嬰保健專項技術的實施，會同有關部門擬訂計畫生育的衛生標準，監督計畫生育技術服務的質量；統籌協調健康教育工作。承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
（四）人事科（與紀檢組、監察組、黨委辦公室合署）
擬訂全市衛生人才發展規劃；組織指導衛生專業技術資格考試；負責局機關公務員管理；負責局機關及指導下屬單位機構編制、人事、勞資和計生等工作；承擔局退（離）休人員的服務工作；承辦局黨組管理幹部的考核任免和管理；負責全市衛生系統先進集體和先進個人的表彰、獎勵管理。負責局機關及指導直屬單位的黨務、紀檢、監察、機關黨的建設、思想政治、宣傳教育和工、青、婦等工作。
（五）農村合作醫療辦公室
負責新型農村合作醫療的具體管理工作。負責培訓合作醫療管理人員；指導合作醫療實施方案的制定，審查各縣區合作醫療實施方案；檢查督導新型農村合作醫療制度的實施，規範運行，及時研究解決合作醫療運行中存在的問題，定期向市領導協調小組匯報合作醫療運行情況。
（六）幹部保健科
1、貫徹中央保健委員會、省委保健委員會和市委保健委員會幹部保健工作的指示和決定，落實市委、市政府、市委保健委員會交給的各項保健任務，並定期向市委保健委員會匯報工作。2、貫徹預防為主的衛生工作方針，研究、制定我市幹部保健工作規則和相關制度，組織實施和檢查指導全市幹部保健工作。3、負責協調保健對象的診治、搶救、治療等工作，聯繫有關專家會診和轉送病人；負責一級保健對象休假、療養和出差期間的醫療保障；負責重點保健對象到省內外就診、會診的聯繫安排工作。4、負責組織和協調中央首長、省（市）的主要領導幹部及重要外賓在我市停留期間的醫療保障工作。5、掌握疫情信息，負責協調重大活動、大型會議等的醫療衛生保障和衛生防病工作。6、掌握保健專家隊伍的基本情況，負責選拔和培養幹部保健隊伍。確定幹部保健基地。7、管理幹部健康體檢、健康教育、療養等預防保健管理工作。8、管理幹部保健工作經費和重點保健對象醫療經費；協調社保部門做好二級保健對象基本醫療保險管理工作。
