漢中行營名義上介于軍委會與各戰區之間,管轄各戰區黨政軍要務。但實際上戰區一直由軍委會直接指揮,漢中行營設立後這種指揮系統並無變更,只是各戰區向軍委會的報告亦送一副本給漢中行營。至於行政和黨務,李宗仁根本無法染指,漢中行營無非是例行“備查”、“照轉”而已。
抗日戰爭末期,蔣介石害怕以李宗仁為首的桂系力量壯大,如何褫奪李宗仁手中的兵權已成燃眉。蔣介石煞費苦心地將李宗仁從第五戰區司令長官的位置調升為“軍事委員會委員長駐漢中行營主任”,以削去兵權,來了個明升暗降。蔣介石希望以此為過渡,使李宗仁逐步退出權力圈,最終成為一個沒有實權的元老。對此,李宗仁心有不甘。