1028年，關東平氏的另一豪強平忠常發動叛亂，此後叛亂迅速擴展。朝廷接連派兵征剿，卻因將領表現無能，大敗而歸。打了兩年敗仗後，1030年，朝廷命源賴信出兵平叛。源賴信出兵巧渡，如天兵般出現在平忠常軍前，敵將攝於其威主動投降。如此，源賴信兵不血刃地拿下了平忠常。從此，平氏的勢力在關東便被源氏取代。
詳細的描述見《大日本史》：
“源賴信，為人剛果明決，練達兵法，與兄賴光齊名。又與藤原保昌、平維衡、平致賴，並以驍勇稱，而賴信為之稱首。仕一條、二條、後一條、後朱雀四朝，歷治部權少輔、左馬權頭、伊勢、陸奧、甲斐等諸國守，為上野、常陸介，拜鎮守府將軍，至從四位上。
長元元年，前上總介平忠常作亂於下總。朝廷命檢非違使平道方、中原成道討之。忠常侵掠州郡，勢甚強大，二將屢攻之，久而無功。三年九月，更敕賴信及坂東諸國司討之。賴信時為甲斐守，率兵抵常陸，將攻之。左衛門尉平惟基諫曰：“忠常依阻嶮隘，軍鋒甚銳，難可猝攻。請俟兵集而行。”賴信不聽，遂率兵赴下總。惟基率騎三千來會鹿島。忠常臨大水設壘，悉收舟檝。賴信至，則不得濟，乃使大中臣成平往諭以利害招之。忠常不從。賴信集眾，問攻戰之術。鹹曰：“無舟何以濟軍。”賴信曰：“如環水而行，則徒曠日，賊益固守。意賊恃險不設備，如直濟而出其不意，則可一鼓而拔。不如急攻之。我嘗聞此河有淺處，廣一丈許，水僅及馬腹。豈軍中有能知之者乎？”有真發高文者，進曰：“我濟之熟矣，請先渡。”遂馳入水，令一卒從其所行，立葦為標。於是全軍亂流而進，忠常果不設備。見大眾至，不取逆戰，惶怖出降。軍士相謂曰：“吾徒皆生長此地，而知其津渡者，不過三人。將軍始來而能言之，殆非人之所及也。”
明年六月，賴信以忠常歸京師。忠常病而道死，斬首傳於京師。朝廷嘉其功，疇賞之。賴信懇請曰：“臣恭奉敕旨，討逆賊。而未及接戰，賊倉皇就擒。實是天威之所致，臣何力之有。臣向謬蒙國恩，忝任四國，而衰老日迫，難從事於遠任。如得改任丹波，則臣志願足矣。”既而又以其母墳墓在美濃，請任其守。明年，遂為美濃守。後遷河內守。
初關東有良馬，賴信求而得之。及歸京，有盜欲路奪之，多方計之不得。行至京師偵之。子賴義心欲得之，入侍賴信。賴信逆謂之曰：“我得良馬，明旦當與汝。”賴義悅而留宿，會風雨甚，盜乘間偷馬而去。賴信以為盜必東國人，負胡箙單騎逐之。賴義亦驚起，執弓矢騎而東馳。至關山及之，盜乘其馬，徐徐涉水。夜黑，咫尺不辨。賴信謂賴義必來在後，顧而呼曰：“射之！”言未訖，忽聞強弦聲。其馬驚逸，鐙撼有聲。賴信曰：“盜斃。汝取馬來。”乃先歸就寢。賴義遂得馬而還。賴信心深嘉之。明日，飾其馬與之。初賴信為上野介，右兵衛尉藤原親孝從在其國，縛盜於家。盜脫棚鎖遁出，劫親孝兒為質，走據壺屋，擬刃其胸。親孝驚悲，不知所為。固囑家人曰：“莫敢逼近之。如使彼殺兒，則寸斬其肉何益。”走見賴信，泣訴之。賴信笑曰：“勇士臨事，不顧妻子。如何以一兒之故，狼狽如此乎？”乃自往視之。盜見其至，屏息不敢仰視，捉兒益急。賴信叱曰：“汝欲殺此兒乎？將欲免死乎？明言之。”賊對曰：“我豈為殺之乎。苟為活命之地耳。”賴信曰：“速舍此兒，我不汝殺。”盜懾伏從之。賴信命曳出盜。親孝請斬之，賴信不許曰：“彼窮為盜，貪生劫兒。不忍深罪也。且我與彼約，豈可食言哉。”乃與之糧馬弓矢而去。
永承三年，卒，年八十一。子孫相繼皆名於世。
