藥物研究所歷史悠久，科研隊伍齊整、儀器設備先進、學科設定齊全，現設有天然藥物化學、合成藥物化學、普通藥理、腫瘤藥理、生殖藥理、臨床藥理、臨床研究、藥物製劑、藥物分析等多個學科和研究室，設有藥劑學、藥理學兩個碩士學位授予點，並設有世界衛生組織(WHO)人類生殖研究合作中心、國家藥品臨床研究基地、浙江省中藥新藥研發中心、藥品中試生產車間， 2003年12月藥物研究所被浙江省衛生廳確定為浙江省醫學（藥學）重點學科。
藥物所現有科研人員60人，其中研究員6人，副研究員及高級實驗師21人，博士和在讀博士生11人，博士後1人。藥物所重視人才培養，積極選派科技人員到國外進修考察及學術交流，參加國內不同類型的學術交流會和學習班，鼓勵中青年科技骨幹在職攻讀博士、碩士學位，推動了藥物所人才隊伍建設。按GLP要求結合學科發展改造和完善了實驗室條件，儀器設備先進齊全，擁有如液質聯用色譜儀、氣相色譜儀、高速冷凍離心機、毛細管電泳儀、全自動生化分析儀等大型科研儀器40餘台。
藥物研究所近年來，先後承擔完成了國家973、國家863項目、國家科技攻關、國家自然科學基金、國家中醫藥管理局、浙江省自然科學基金、浙江省科技廳、浙江省衛生廳等科研項目100餘項，獲國家、省部級獎項12項，獲新藥證書及生產批件10項，申報發明專利21項，其中8項已獲發明專利證書，在國內外各類學術刊物上發表論文300餘篇。在抓好科研開發的同時積極作好科技諮詢服務工作，與國內有關的大型製藥企業建立較為牢固的合作關係，近年來，簽訂技術轉讓、聯合開發及技術服務契約300餘項，創經濟效益1800餘萬元。
