當時的局勢是，外有滿清入侵，內有李自成、張獻忠崛起，再加上頻繁的大面積天災，使得明朝政府岌岌可危，處於風雨飄搖之中。李乘雲剛剛蒞任，李自成大軍已進入河南，沿途州縣望風披靡。很快包圍了禹州。
禹州城中，內無糧草，外無救兵，實乃孤城一座，若與李自成大兵相抗，無疑是以卵擊石。李乘雲並非不知道這種客觀形勢。但作為那個時代的知識分子，身受正統的思想教育，在生死關頭，選擇“殺身成仁”、“捨生取義”。李乘雲的忠義和勇敢，感動了部下將領，連那位原先準備開城投降的禹州知州金世英也被感動，願意同他一同堅守。
李自成遇到堅決的抵抗，損兵折將，不勝其忿，咬牙切齒，拚命進攻。城陷，李乘雲被俘。李自成喝令其下跪，李乘雲大義凜然地說：“我堂堂朝廷命官，豈能屈服於叛賊！今既被俘，但求一死！”當李自成要下令屠城時，李乘雲據理力辨說：“我的部下，我令其守城，他們不能不守。正如你的部下，你令其攻城，他們不能不攻是一樣的道理。我盡忠報國，萬死不辭，但不可傷及無辜！”
李自成被李乘雲的凜然大義所折服，終於沒有屠城，但將李乘雲寸磔，以泄其心頭之恨。李乘雲視死如歸，從容就義。同時，還有六位讀書人，也以追隨李乘雲犧牲為榮，同他一起犧牲。
三日後，李自成撤兵。城中士民痛哭著安葬了李乘雲的屍首，並在他犧牲處建了一座“忠烈祠”，供奉著他和追隨著他的六人的牌位。
