清宣統元年(1909)，趙爾巽調四川總督，隨之入川，任四川巡警道，鏇升陸軍第十七鎮統制，與同盟會員程潛等編練新軍，成為西南主要軍事力量。 辛亥武昌起義，回響革命，宣布四川獨立，被推為四川大漢軍政府副都督。
民國元年(1912)，任黑龍江督署參謀長，後改任護軍使兼署民政長、巡按使、黑龍江省將軍。
民國5年7月，受段祺瑞任命為廣東省長。
民國翌年7月，任廣東新軍司令。張勛復辟，首先通電聲討，回響孫中山“護法”主張，電請來粵主持大計。7月17日，孫中山率起義海軍及部分國會議員抵粵，備受歡迎與支持，並從省長警衛軍中撥出二十營改編為護法軍。段祺瑞對此大為不滿，為逼走慶瀾，下令改長廣西，遂不得不離開廣東。後寓居上海。
民國11年，應張作霖之邀，重返東北，任東北特區行政長官兼中東鐵路護路軍總司令。積極維護國家主權，將鐵路沿線俄人所占100多萬畝土地全部收回。
民國14年辭職。此後長期從事慈善救濟與抗日救亡事業，先後任華北慈善聯合會會長、黃河水利委員會委員長、國民政府賑濟委員會委員長等職，為賑災奔走呼號，不辭勞瘁。
民國20年“九·一八”事變後，聯絡各界人士，組織遼吉黑熱民眾抗日後援會，積極募款支持東北義勇軍。
次年，日軍進攻上海，又向國內外募捐，並承擔宣傳、醫療、運輸等工作，支持十九路軍抗日。
民國22年5月，馮玉祥、吉鴻昌等在張家口組織察哈爾民眾抗日同盟軍，即送去銀元10萬，以充軍餉。
抗戰以後，在陝西創立黃龍山墾區，收容難民達5萬餘人。
生前關心桑梓，出資創辦漁後村國小，招收本村兒童免費入學。
民國30年1月，積勞成疾，卒於西安。西安各界公葬於長安縣杜曲鄉東韋村，馮玉祥為之作碑文。
