解放戰爭時期,於書元任華東野戰軍9縱隊25師75團文書、3連政治幹事、1營機槍連、特務連排長,79師237團政治處工作隊員,79師237團司令部佇列參謀。他參加了南麻臨朐戰役、膠河、周村、濰縣、濟南戰役、淮海戰役、渡江戰役、上海戰役等戰役戰鬥。
中華人民共和國成立後,於書元任中國人民志願軍79師237團佇列參謀、作戰參謀。參加了第二、五次戰役和金城防禦作戰。回國後,於書元任79師237團防化學兵主任,1956年9月,他被調南京軍區防化軍官輪訓隊任隊長,後任南京軍區獨立防化營營長,防化軍士教導營營長,南京軍區防化兵作訓科副科長、科長,防化兵第16團團長,南京軍區司令部軍訓部副部長、部長,防化兵部部長,軍事學院高級指揮系三期學員,上海警備區司令部參謀長、副司令員,上海警備區調研組副軍職調研員等職。1955年被授予中國人民解放軍解放獎章,1993年被授予中國人民解放軍勝利功勳榮譽章。於書元曾當選上海市第七屆政協委員。
1992年,於書元離職休養。
上海警備區原副司令員於書元同志,因病醫治無效,於2006年5月26日在上海逝世。