1983年年考入南京農業大學植保系植物病理專業攻讀大雨學位，1986年繼續攻讀博士學位，1989年3月獲博士學位留校任講師，主要從事生物農藥的研製與開發，馬鈴薯軟腐病的研究和本科生、研究生的教學工作，1992年任副教授，碩士研究生導師。
與同事合作，在大白菜軟腐病，油菜菌核病，小麥紋枯病的生物防治方面取得了突出成果，先後獲部委級科技進步二等獎1項、三等獎3項。在南京農業大學植保系工作期間，張學君曾兼任農業部重點開放實驗室副主任，植物病理教研組副主任，華東植物病理學會理事，植病黨支部支委，在教學、科研管理方面做出和積極的貢獻。
1991年被國家教委、國務院授予“作出突出貢獻的中國博士”稱號，1993年被國務院授予“有突出貢獻專家”稱號，享受政府特殊津貼，1994年獲江蘇省優秀青年骨幹教師稱號，1995年1月入選江蘇省青年科技骨幹，是江蘇省首批青年科技重要培養人才。
1995年11月10日因病去逝，時年37歲。
