計畫內容
量產超電磁炮進行“量產型能力者計畫”的是樋口製藥第七學區研究中心，由天井亞雄負責，每個“妹妹”造價18萬日元。為了加快“妹妹們”肉體和人格的成長速度，實驗使用了Zid-02、Riz-13、Hel-03等藥物，培養十四天就可以得到與超電磁炮相同的肉體，而言語、運動及倫理等基本的腦內情報都由學習裝置強行輸入，但是為防止叛亂在基本的腦內情報中沒有輸入感情。
但是在實驗的最後階段，根據“樹形圖設計者”（Tree Diagram，世界上最強悍的一台計算機）的演算結果，量產出來的“妹妹們”的能力還不及超電磁炮的1%，平均等級只有Level2的程度，不論基因操作還是後天教育都無法做成等級5的超能力者的複製人，因此超電磁炮量產計畫“妹妹們”被永久凍結。後來由於“運用‘妹妹們’的絕對能力者進化法”的需要，量產計畫再次啟動。
學園都市能力開發的終極目標是“SYSTEM-成為宛如神明意旨一般降落凡塵的人”，為了更進一步靠近神而需要創造出超越人類的存在——絕對能力者（Level 6），以超越人類的存在理解神明的意志。為此誕生了“絕對能力者進化計畫”。經過“樹形圖設計者”的精密演算，學園都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有機會進化為絕對能力者，但需要二百五十多年的一般課程訓練。由於人無法存活二百五十年，“樹形圖設計者”找出了另一種方法，那就是利用實戰來促進能力的增長，即準備好特定的戰場，讓戰鬥依照計畫進行，以掌控“實戰中能力增長”的方向性。
根據“樹形圖設計者”的演算結果，只要準備好一百二十八種戰場將超電磁炮殺害一百二十八次，一方通行便可進化為絕對能力者。但是因為無法準備一百二十八個超電磁炮，所以實驗將目標鎖定了同時期進行的“能力者量產計畫”中的“妹妹們”，由於量產型的“妹妹們”具有的能力不及其素體超電磁炮的1%，根據“樹形圖設計者”的演算，要準備好兩萬種戰場及兩萬名“妹妹們”方可達到相同目的。最初的9802項實驗在研究所內進行，而剩下的10198項實驗則需要在戶外進行，由於涉及到屍體處理問題，所以戰場集中在學園都市的第七學區。
御坂妹妹
簡介御坂美琴的複製人，統稱御坂妹妹（自稱“御坂”）。 為了讓一方通行進化到 Level 6（絕對能力者）而製造出來。 一開始有20002名，從00001號到10031號都因為Sisters的實驗而被一方通行殺死。所有妹妹的腦波彼此連線，構成“御坂網路”，並且共享一份記憶。性格上為“美琴的人格加上電波系大小姐的氣質”。因為記憶共享的關係所以全員對上條當麻都十分在意，不過對戀愛方面的感情尚無自覺。
“妹妹們”在外觀上與美琴一模一樣，但除“番外個體”外，即使是最強個體也沒有能超過強能力者（Level 3），能力是等級二的電擊能力“缺陷電氣”。無法目視電磁波，因此常配戴著軍用目視鏡。
除“番外個體”以外，“妹妹們”都瞳孔暗淡無光，表情變化少， 將情感隨著發言一同說出口（一段話的結尾必定是“御坂XXX地說道”）。情感上與美琴不太一樣，在外傳漫畫第22話中對呱太沒啥感覺（而在小說中同美琴一樣非常注意呱太，曾為美琴的呱太而把最終之作放到一邊），另外跟美琴一樣，有點喜歡貓（曾將撿到的貓命名為“狗”，後來又改為“德川家康”、“薛丁格”），缺乏耐性，會用平穩的口氣講出粗暴內容的話，而且沒有什麼羞恥觀念，內褲被看光光，甚至全裸被看到也面不改色。
御坂美琴第一次見到的是御坂9982號。 在外傳漫畫第33話得知上條當麻第一次見到是御坂10031號。
在實驗被終止後，“妹妹們”被分派到世界各地，名義上是到全世界各個學園都市的合作機構進行調整治療以恢復由於加速生長而縮短的壽命，實則是為了構建覆蓋全球的AIM網路，使原本只存在於學園都市內的虛數學區，擴張到全世界的範圍，用以對抗魔法陣營。期間妹妹們藉助御坂網路分享各自的見聞，感情和閱歷大大豐富，自我意識也得到了各自不等的發展，其中一名留在學園都市的妹妹（御坂19090號）甚至偷偷瞞著其他妹妹減肥。
魔禁第三卷、第四卷（也可以不算，畢竟只是序章中的幻像）、第五卷、第八卷、第十二卷、第十三卷、第十九卷、第二十卷、SS2。
角色介紹御坂妹（御坂妹（みさかいもう之），聲優：佐佐木望）
第一次見到上條的御坂10032號，被稱作“御坂妹”，在實驗中被上條所救，視上條為恩人，喜歡著他。
最後之作（Last Order，ラストオーダー，打ち止め，聲優：日高里菜）
檢體編號20001，於小說第五集首度登場。在御坂妹妹中的地位最高，是御坂網路的管理者，為了防止“妹妹們”反叛、失控而製作出來。身體調整尚未完成，原本不該離開培養器，但為了防止天井亞雄寫入病毒碼而逃出，流落街頭時遇見了一方通行。逃離前被植入病毒，一但病毒啟動，全世界的“妹妹們”將接受經由御坂網路發出的命令對人類進行無差別攻擊，最後被一方通行所阻止。在小說第十三集時又被木原數多再次植入病毒碼，目的是操控妹妹們為亞雷斯塔創造人工天界，在當時成功將學園都市變成無法使用任何魔法的另一個“界”，但對自身造成極大負擔，後病毒碼運作被茵蒂克斯中斷，但並未消除。第十九集時因人工天使“愛華斯”的出現而生命垂危。第二十二集終於被一方通行解救，但接著與番外個體一起被學園都市別動隊抓走。
人格資料設定上，脫逃時會下意識躲避身穿白色長褂研究員裝扮的人，在處處都有電磁紀錄的學園都市中，擁有能夠完全躲避追蹤的生存本能。同樣是御坂的複製人，能力一樣是“缺陷電力”，不過在小說第十三集中被認定為等級三。
和妹妹們不同的是，具有豐富的表情，性格活躍。另外最後之作在句尾會所加的是“御坂御坂XXXX道”（如“御坂御坂試著發牢騷道”）。外觀是10歲左右的小女孩。第一次登場只包著一條髒毛巾，後來則穿著合身的衣服。
第五集之後，使用所管理的御坂網路彌補一方通行的能力。平時常和一方通行鬥嘴並對一方通行惡作劇。但在嚴肅場面時對一方通行抱持著絕對的信賴與親愛，並對一方通行表示獻身與理解。在以一方通行為主角的故事中作為女主角存在。
00000號（フ兒チューニング））
除了最後之作外，由天井亞雄所培育的特別個體，編號00000（可能是最初培育的原形），由於這名個體並未與御坂網路連結，所以目前所在地與現況不明。
9982號
御坂美琴遇到的第一個“妹妹”，在公園碰到後，與美琴渡過如同姊妹般的下午。其後於實驗中握著美琴所贈的蛙太徽章被一方通行以火車壓斃。
10777號
駐紮於俄羅斯的妹妹。在第二十一集與趕到俄羅斯的美琴相遇。
番外個體（Misaka Worst，ミサカワースト）
學園都市高層為了抹殺一方通行而開啟“第三次複製人計畫”，專門製造出的新的“妹妹”。身體年齡為高中生左右，能力也比其他“妹妹們”強（Level4，大能力者），性格方面因被製做成容易接收負面情感，而成為“御坂網路”負面情感的集合體。
性格極端扭曲，嗜血又喜歡痛苦折虐他人。手握釘槍作為武器。第二十集只以“消滅一方通行”為目的，並利用一方通行“不想再對妹妹們出手”的心理，給與一方通行的精神極大的傷害，同時體內植有避免最後之作的強制命令的晶片。最後被發動能力的一方通行打成重傷，右手被打至骨折。
第二十一集中接受一方通行的邀請與他合作，但第二十二集與最後之作一起被學園都市別動隊抓走，第二十三集中則隨一方通行前往夏威夷，並與御坂美琴碰面。
