大連海事大學海洋生態國際科技合作基地於2010年10月由國家科技部批准成立。海灣生態在圍墾、水利工程建設和環境污染等多重因素的干擾下，面臨著自然來水減少、水鹽失衡、植被退化、生境質量下降等多種威脅。因此造成濕地生態受損，甚至出現光灘。因此全面分析和評估了河口污染水域和濕地生態系統退化機制，對於流域污染的治理和生態修復起到至關重要的作用。
基地以環境系統生物學研究所遼寧省重點實驗室為依託，整合了目前和環境系統生物學研究所密切合作的國際持久性有毒物物質聯合中心、微流體及晶片實驗室技術中心和細胞冷凍和生物傳熱技術開發平台，共同打造了面向環渤海、輻射東北工業基地的集海灣生態環境監測、預警和修復為一體的研究平台。學科方向涵蓋海洋科學、生命科學、環境科學、生物信息科學和計算機科學等。
基地自成立以來，承擔國家科技支撐項目、國家自然科學基金及省市級項目等總計十餘項。發表論文20餘篇。其中代表性研究項目是於2012年底超額完成的科技部支撐計畫《典型河口污染水域生態修復技術及示範》2010BAC68B0課題。其中關於河口污染分析和河口濕地退化的診斷技術，是本基地承擔完成。該研究技術是以大凌河為示範區域，建立了流域布設監測點，對水、土壤、底泥以及生物進行污染監測，分析無機污染物、重金屬、有機污染物在水、土壤、底泥以及生物中，大凌河流域污染的現狀，特別分析了有機污染物在不同介質見的轉化規律，首次發現了的大凌河河口德克隆的生物蓄積問題。分析了有機氯農藥和重金屬污染在50年間的時空分布及其變化規律與特徵，並對大凌河下游及河口濕地地區污染物來源進行分析和排查，診斷和評估了污染水域的污染現狀及污染來源，並通過模型和監測估算出主要點源污染對水域污染的貢獻率。本研究還通過有機污染物對微生物群落影響分析，揭示了該流域生境的變化特徵，發現了與污染修復相關的微生物種群，為未來該流域污染的生物學修復提供了基礎。通過對濕地植被與生境調查，確立河口濕地退化主要誘因，確立了河口生境恢復的要素。
基地現有在職研究人員16人，其中教授6人，副教授5人，講師5人.，實驗員2人。在讀博士6人，碩士20人。目前擁有高通量的基因組，蛋白質組分析系統，細胞分子生物學分析系統，和可以培養各種模式生物材料的培養設施，如人工氣候室、植物溫室、海洋生物實驗室、標準動物房、斑馬魚飼養系統等。相關設備192台套，擁有價值30萬元以上大型儀器。如：多功能成像系統、遺傳分析系統、流式細胞儀、蛋白純化系統、高效液相色譜系統、實施螢光定量基因檢測系統、紫外/螢光酶標儀、螢光倒置顯微鏡、氣相色譜-質譜連用儀、氣相色譜儀、液質譜連用儀、高分辯率顯微CT系統、顯微PIV和體三維(V3V)系統（世界第二台，國內唯一）、顯微高速CCD相機、500W紫外曝光系統、數字勻膠機等離子清洗器、恆溫真空爐、數字型精密熱板、可變焦距立體顯微鏡（帶成像系統）、倒置相差螢光顯微鏡（帶成像系統）等。
