洪水災害
多瑙河在德國境內奔流於群山之中，洪水災害小，但進入奧地利境後，由於支流因河來匯，水量大增，致使維也納市及其上游的圖林平原防汛緊張。洪災主要發生在該河中下段地區。斯洛伐克每年因多瑙河洪水造成的損失平均達3.2億捷克法郎；匈牙利沿多瑙河及其支流蒂薩河洪泛平原內有耕地235.6公頃（占全國總耕地面積1/3），居住著全國一半的人口，有80%的城鎮和村莊及半數以上的鐵路和公路位於該平原上，都受到洪水威脅，1870～1970年共發生水災62次。1970年羅馬尼亞境內多瑙河大水成災，死200人。
洪水特性
由於大部分降水出現在夏季和秋初（6～9月），容易產生夏、秋季洪水，例如奧地利維也納水文站1897年（8月）、1899年（9月）、1920年（9月），斯洛伐克馬爾諾水文站1965年（6月）的洪峰流量都超過8000立方米每秒。
多瑙河左岸支流多發源於山區，積雪在春季融化，匯入幹流，造成春季洪水，例如維也納站1928年5月初洪水，洪峰流量6100立方米每秒。匈牙利布達佩斯市以下的多瑙河，冬季冰壩壅起的洪水（凌汛），有幾處凌汛水位竟超過伏汛水位2.5～3.0m、多瑙河降水量在時間、空間上分布不均勻，各支流一般不同時發水，出現全流域性的災難性洪水是罕見的。發源於阿爾卑斯山的河流，往往在夏季出現暴雨洪水；發源於喀爾巴阡山的河流，一般在春季發生融雪洪水。雪雨相互補充，既可使河水流量分配比較均勻，又可使幹流洪峰錯開。該河流量過程線比較平坦，無驟漲驟落的現象，夏季與冬季中值流量之比，在奧地利境內一般為3:2，因河河口段則為1:1。
歷史洪水
多瑙河實測洪水記錄歷史悠久。維也納站的水文觀測已有近千年歷史。該站最大洪水發生於1501年，洪峰流量為14000 立方米每秒；其次是1787、1899、1897年。20世紀多瑙河在奧地利境內的最大洪水是1954年7月13日由斯坦因-克雷姆斯水文站實測的10200 立方米每秒。匈牙利記錄到的歷史洪水是多瑙河進入國境處的10910 立方米每秒。保加利亞和羅馬尼亞實測多瑙河最大洪峰流量均為17000 立方米每秒。鐵門歷史最大洪水為21200 立方米每秒。
冰凌洪水
多瑙河流域冬季寒冷，一部分地區大雪封山，有些河段有凌汛。凌汛災害有事比伏汛水災還嚴重，例如匈牙利布達佩斯以下多瑙河中段，1838年3月，冰凌洪水致使布達佩斯市半數以上房屋被毀。1935、1938、1940、1941、1945、1956年均發生冰凌洪水。1956年3月凌汛，堤防被衝決57處。1942年3月，多瑙河在保加利亞斯維斯托夫下游出現凌汛，洪水位比1897年災難性洪水位還要高2m，使瓦爾丁-諾沃戈羅德低地收到巨大損失，堤防決口數處，田地全部被淹，顆粒無收。
