根據學校職能定位，武陵山區發展研究院（吉首大學校地合作領導小組辦公室）為吉首大學直轄的綜合性協調機構。主要任務有三：1、作為吉首大學服務地方的政策調研機構，為吉首大學服務武陵山區經濟社會發展提供政策研究和諮詢；2、作為吉首大學與武陵山區內各級政府、企業、團體的橋樑，為吉首大學科研人員從事服務地方的套用研究，為地方和企業發展技術支撐提供對接服務；3、組織跨學科、跨學院及綜合性研究項目集體攻關。
研究院除了承擔湖南省科技廳“武陵山片區區域發展研究中心”、湖南省教育廳“武陵山區扶貧開發研究中心”、“植物資源保護與利用湖南省高校重點實驗室”（與資環學院共建）三個省級平台建設以外，還設定了民族歷史與文化研究所、區域發展與扶貧開發研究所、自然資源與生態產業研究所、社會工作與社會企業研宄所共四個轄屬研究機構。其宗旨是根據“武陵山區區域發展與扶貧攻堅規劃”國家戰略，結合武陵山片區實際情況，充分發揮地方人才優勢，深入開展武陵山片區產業發展、就業與農村人力資源開發、社會事業發展與公共服務、生態建設和環境保護等。
近年來，研究院為地方經濟發展、地方文化傳承、扶貧工作和學校發展等方面做出了突出貢獻。現已與湘西州、慈利縣、永順縣、秀山縣、洪江區等地方政府，湖南人民出版社、酒鬼酒股份有限公司、湖南湘泉藥業股份有限公司、湘西老爹生物有限公司等企業建立戰略合作夥伴關係。
