職責調整
一划入的職責。將原自治州建設局承擔的指導城市客運職責，整合劃入自治州交通運輸局。
二加強的職責。
⒈綜合交通運輸體系的規劃協調，最佳化交通運輸布局，促進各種運輸方式相互銜接，加快形成便捷、通暢、高效、安全的綜合運輸體系。
⒉統籌州域和城鄉交通運輸協調發展，優先發展公共運輸運輸，大力發展農村交通運輸，加快推進州域和城鄉交通運輸一體化。
主要職責
一貫徹執行國家、自治區有關公路運輸的法律、法規，擬訂相關措施、辦法，並組織實施和監督檢查。
二擬訂自治州公路交通運輸發展規劃、中長期計畫並監督實施；會同有關部門組織編制自治州綜合運輸體系規劃；參與擬訂自治州物流業發展戰略與規劃。
三負責管轄範圍的縣鄉道路及專用公路的規劃、設計、建設、養護管理；負責協調有關部門做好公路環境保護工作。
四指導自治州交通運輸行業體制改革；會同有關部門培育和管理交通運輸市場和交通基礎設施建設市場，建立完善交通運輸信息服務體系，維護全州交通運輸行業的平等競爭秩序；引導交通運輸行業最佳化結構、協調發展；指導城鄉客運及有關設施規劃和管理工作，指導計程車汽車行業管理。
五貫徹執行交通運輸行業科技政策、技術標準和規範；負責公路交通運輸經濟及技術管理。
六負責公路交通運輸科技成果推廣、套用，管理交通運輸基礎設施建設（改造）項目。
七負責並指導自治州農村公路的財務、審計、計畫和統計工作。
八負責並指導自治州交通運輸行業的法制宣傳、行政複議、行政應訴和監督工作；指導交通運輸行業職業教育和培訓工作。
九負責自治州交通戰備工作。
十承辦自治州人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，自治州交通運輸局設4個內設機構：
一辦公室（計畫財務科）。
組織協調機關的日常工作，組織起草綜合性文稿，負責會議組織、文電處理、政務信息、政務公開、依法行政、組織人事、固定資產、財務、檔案、保密、信訪、老乾、後勤服務等工作；負責機關精神文明、計畫生育、綜合治理、效能建設等工作；負責全州農村公路建設專項資金的申請、撥付，對資金的使用進行監督管理。
二公路科。
負責擬訂自治州公路建設發展規劃，組織實施自治州縣鄉公路的規劃、設計、建設工作，負責自治州公路學會工作；負責組織農村公路工程招投標工作。
三運輸科。
貫徹執行自治州交通運輸行業發展規劃，培育和發展運輸市場；負責全州客運站點規劃建設工作；指導自治州交通運輸系統體制改革工作；負責自治州交通運輸系統安全生產管理工作，協調有關部門對運輸市場進行監督檢查和管理；指導城鄉客運、城市公交、出租汽車管理工作；負責統籌城鄉交通運輸協調發展和城鄉交通運輸一體化。
四農村公路質量監督科（總工程師辦公室）。
負責農村公路工程質量動態監督，檢查施工質量；對農村公路工程進行質量鑑定，參加工程交工、竣工驗收；負責農村公路工程的質量事故調查處理；監督檢查重大工程質量事故的處理及執行情況；參與審查、審定農村公路的重點工序施工方案並監督其執行；負責貫徹執行有關農村公路工程建設管理的法規以及技術規範和技術標準；參與農村公路建設、養護工作的組織和管理；負責對農村公路建設、養護工作的設計圖紙、關鍵施工技術方案進行初步審查；負責審查農村公路建設的工程變更、工程計量，對技術管理、契約管理工作進行監督檢查；參與審查契約工程量清單規定的中間支付證書和最終支付證書；參與重大技術問題的處理，對縣市基層單位提供技術管理和諮詢服務。
紀檢（監察）組：負責機關及直屬事業單位黨的紀律檢查和行政監察工作。
人員編制
自治州交通運輸局機關行政編制12名。其中：縣級領導職數4名（含紀檢組長），內設機構科級領導職數5名（含機關黨委專職副書記1名）。
按規定核定機關工勤事業編制2名。
事業單位
一博爾塔拉蒙古自治州交通戰備辦公室。相當於科級，全額撥款事業單位，隸屬於自治州交通運輸局管理。列全額事業編制3名，主任由自治州交通運輸局1名領導兼任，設正科級專職副主任1名。
主要職責：負責交通運輸系統戰備工作；進行國防交通狀況調查，負責交通戰備資料建設，向上級和部隊及時、準確提供有關資料；制定全州戰時交通、應急交通保障方案，督促指導地方和有關部門編制交通重點目標戰時保障方案和應急交通保障方案；承辦自治州國防動員委員會和局領導交辦的其他工作。
二博爾塔拉蒙古自治州農村公路路政支隊（農村公路養護辦公室）。相當於科級，全額撥款事業單位，隸屬於自治州交通運輸局管理。列全額事業編制8名，其中：科級領導職數3名。
主要職責：宣傳、貫徹執行農村公路管理方面的法律、法規；保護農村公路路產；實施農村公路路政巡查；管理農村公路兩側建築控制區；維護農村公路養護作業現場秩序；參與農村公路工程交工、竣工驗收；依法查處各種違反公路路政管理法規的案件；負責全州農村公路養護管理和縣市鄉村公路日常維護工作的指導、檢查；負責全州公路養護大中修工程的組織和實施。
附則
本規定由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室負責解釋並對執行情況進行監督檢查和評估，其調整由中共博爾塔拉蒙古自治州委員會機構編制委員會辦公室按規定程式辦理。
