大樓外牆
1999年9月16日颱風約克襲港,香港天文台曾懸掛十號颶風信號,入境事務大樓的玻璃外牆被吹倒,以致很多政府檔案被吹至地上。
縱火案
主條目:香港入境事務大樓縱火案 2000年8月2日,大批聲稱擁有居港權的內地人帶著易燃液體和打火機到 入境事務大樓要求與官員見面,並威脅自焚,期間施君龍等人在現場縱火,事件中高級入境事務主任梁錦光及爭取居港權人士林小星被燒死。
2002年2月首被告施君龍被判謀殺及縱火罪名成立,判處終身監禁,另外6人彭漢坤、傅模、林興鑾、楊義坪、楊義炎及周洪川,則因誤殺及縱火罪判監12至13年。7人其後抗訴,當中施君龍對謀殺罪判決的抗訴得直,被抗訴庭改判誤殺罪,監禁14年。7人仍然不服判決,再抗訴至香港終審法院,由於原審法官錯誤引導陪審團,7名被告獲撤銷所有控罪,發還高等法院重審。2005年6月16日,施君龍等人在高等法院承認基於嚴重疏忽誤殺梁錦光和林小星,各人因認罪獲得最少三分一的減刑,施被判入獄8年,其餘6名被告判囚7年4個月;至於縱火罪則不予起訴。