機構
公司設立生產部、加工部、市場部、銷售部、質量技術部、小麥玉米部、人力資源部、計畫財務部、倉儲物流部和辦公室。公司實行董事會領導下的總經理負責制。公司現有員工135人，其中博士1人，碩士8人，高級職稱17人。
規模及設施
公司在安陽擁有3000畝育種家種子繁殖基地，在豫、魯、冀、皖、蘇等地擁有穩定的雜交棉製種基地2萬畝，在新疆擁有2萬畝原種繁殖基地和5萬畝良種繁殖基地。公司在安陽、鄭州、合肥、阿克蘇擁有4套現代化的種子酸脫絨、精選及包衣包裝生產線，擁有先進的種子檢測儀器設備和規模化的種子貯存和曬場設施。
核心目標
公司在安徽、新疆投資組建了安徽中棉種業長江有限責任公司、新疆阿克蘇中棉種業有限責任公司、新疆庫爾勒中棉種業有限責任公司、新疆喀什中棉種業有限責任公司、新疆石河子中棉種業有限公司、新疆輪台中棉棉業原種有限責任公司。公司致力於發展成為在轉基因棉花產業核心技術（轉基因育種及配套生產技術）領域處於國內領先並在國際上有一定影響的研產貿一體化，經營多元化（原棉種子縱向一體化，小麥、玉米、農資、農化產品等相關多元化），市場國際化的技術先導型企業集團。
項目實施
公司在鄭州國家高新區新征土地90畝，主要建設棉花轉基因育種國家工程實驗室、轉基因棉花創新中心、博士後流動站、棉花產業技術培訓基地及公司總部基地。公司先後承擔了國家發改委、財政部、科技部、農業部等國家級重大科技項目和產業化項目。通過項目的實施，初步形成了覆蓋黃河流域、長江流域和新疆全國三大棉區的棉種產業“技術創新、中間試驗、良種繁育、種子加工、質量監控和行銷推廣”六大體系。在國家項目的支持下，大大提升了公司的產業化運營能力。
