學會成立於2009年5月20日，前身是上海醫學會口腔專業委員會，首任會長由周曾同教授擔任。
學會在發展對外關係和我國口腔醫學科學的同時，重視口腔醫療設備材料的引進與發展，重視口腔常見病的預防工作，為推動上海市區口腔醫學發展，促進人民民眾衛生保健水平做出了一定貢獻。
上海市目前擁有口腔專科醫院2家，口腔病防治院1家，牙病防治所20家，公立醫院口腔科300個，私利牙科診所600餘家，從業人員5000餘名。 上海市口腔醫學會目前學會擁有個人會員1 200餘名、單位會員70餘家，49名理事、19名常務理事。理事會下設分管不同業務的管理委員會8個，專業委員會11個。
學會自成立以來，致力於國內外學術交流與國際合作，每年舉辦國際會議3～4次，每年召開全國性學術會議、專題研討會l0～15次，另外還舉辦國家級繼續醫學教育項目l0餘次。
